Bio- ja ympäristötieteellisen tiedekunnan tutkimus jakautuu kolmeen tutkimusohjelmaan:
Farmasian tiedekunnan tutkimuksesta löytyy lisätietoa tiedekunnan verkkosivuilta Tutkimus-osiosta.
Humanistisen tiedekunnan tutkimus jakautuu kuuteen osastoon, jotka puolestaan jakautuvat useaan tieteenalayksikköön.
Digitaalisten ihmistieteiden osaston yhteydessä toimii myös monitieteinen digitaalisten ihmistieteiden keskus Helsinki Centre for Digital Humanities.
Tiedekunnan osastona toimii myös valtakunnallinen Venäjän ja itäisen Euroopan tutkimuskeskus Aleksanteri-instituutti.
Kasvatustieteellisen tiedekunnan tutkimus jakautuu yhdeksään tutkimusyhteisöön:
Lääketieteellisen tiedekunnan tutkimus jakautuu kolmeen yksikköön: Clinicum, Medicum ja tutkimusohjelmayksikkö.
Clinicum ja Medicum jakautuvat useampaan osastoon.
Tutkimusohjelmayksikkö koostuu yhdeksästä tutkimusohjelmasta.
Maatalous-metsätieteellinen tiedekunnan tutkimus jakautuu viiteen osastoon:
Matemaattis-luonnontieteellisen tiedekunnan tutkimus jakautuu kuuteen osastoon:
Osastojen lisäksi tutkimusta tehdään Fysiikan tutkimuslaitos HIP:ssä.
Oikeustieteellisessä tiedekunnassa ei ole tieteenalayksikköjä.
Teologisen tiedekunnan tutkimus jakautuu viiteen osastoon:
Valtiotieteellisen tiedekunnan tutkimus jakautuu kahteentoista tieteenalayksikköön:
Svenska social- och kommunalhögskolan (Soc&kom) on Helsingin yliopiston itsenäinen yksikkö, joka keskittyy ruotsinkieliseen yhteiskuntatieteelliseen opetukseen ja tutkimukseen.