Yliopistossa on rehtorin alaisia erillislaitoksia, joilla on kullakin johtaja ja johtokunta. Osa erillisistä laitoksista on yhteisiä muiden yliopistojen ja organisaatioiden kanssa.
Tiedekuntien alaisuudessa toimii muutamia erillisiä laitoksia, joista on kerrottu tarkemmin tiedekuntien sivuilla.
Kokeile selailla yliopiston tutkimusta tieteenaloittain tai tutkimusryhmittäin. Myös henkilöhausta saatat löytää tietyn alan tutkijan.
Tutkimusasemilla kerätään pitkän aikavälin mittaussarjoja, joiden avulla voidaan tutkia muutoksia ympäristössä.
Yliopistokeskukset täydentävät suomalaista korkeakouluverkostoa. Ne kokoavat yhteen monen yliopiston toimintoja paikkakunnilla, joissa ei ole omaa yliopistoa. Helsingin yliopisto osallistuu muiden suomalaisten yliopistojen kanssa yliopistokeskusten toimintaan Lahdessa, Mikkelissä ja Seinäjoella.
Opettajankoulutukseen sisältyy Helsingin yliopistossa aina opetusharjoittelua. Opetusharjoittelusta vastaa kasvatustieteellinen tiedekunta ja sitä järjestävät kaksi harjoittelukoulua; Helsingin normaalilyseo ja Viikin normaalikoulu sekä kattava kenttäkouluverkosto, johon kuuluu runsaasti päiväkoteja, kouluja ja muita oppilaitoksia. Ruotsinkielisiin koulutuksiin sisältyvät opetusharjoittelut suoritetaan partnerikouluissa.
Helsingin yliopiston ylin päättävä elin on hallitus. Johtajina toimivat rehtori, vararehtorit ja yksiköiden johtajat. Kansleri edistää yliopiston yhteiskunnallista vuorovaikutusta ja valvoo yliopiston etua ja toimintaa.