Med ett livsmedels mikrobiom avses ett mikrobsamhälle som förökar sig i ett livsmedel under dess livscykel. Utvecklingen av detta samhälle påverkas av ett livsmedels näringsämnen, vattenhalt, surhetsgrad och de tillsatsämnen som använts vid framställningen av det eller av de antimikrobiella ämnen som förekommer i själva livsmedlet. De moderna livsmedlens mikrobiom formas också av tillverkningsprocesserna, kylkedjan och förpackningstekniken. Livsmedels mikrobiom har en direkt koppling till livsmedels hållbarhet och nedbrytning. Under förvaringsperioden befinner sig livsmedels mikrobiom i dynamisk förändring, eftersom det råder olika konkurrensförhållanden inom samhället, och mutualistiska interaktioner leder också till att vissa arter blir dominerande (succession) i och med att en del av arterna tynar och inte utgör en betydande del av mikrobiomet. På avdelningen forskar vi i de interaktioner som sker i livsmedels mikrobiom för att bättre förstå hur bakterier som bryter ner livsmedel och som är skadliga för livsmedelstillverkningen når en dominerande ställning i ett mikrobiom.
Bilden nedan visar grunden för vårt projekt Distinguished Investigator som finansieras av Novo Nordisk Fonden. Vi letar efter markörgener som anknyter till utvecklingen av ett mikrobiom som vi kopplar ihop med ändringar i de sensomotoriska egenskaperna hos ett livsmedel. Den svarta kurva som syns på bilden visar tillväxten av ett mikrobiom vid bakterieodling (koncentration av mikrober i ett gram livsmedel) under livsmedlets förvaringsperiod: till vänster visas en snabb tillväxtfas under vilken livsmedlet är av god sensorisk kvalitet, i mitten visas ett livsmedel som håller på och bryts ned och till höger ett livsmedel som redan brutits ned. Bilden visar hur olika delar av ett mikrobiom förändras med tiden och hur olika funktioner aktiveras under hållbarhetstidens gång. Genaktiviteten hos viktiga metaboliska vägar som reglerar ämnesomsättningen förändras också allteftersom den mikrobiologiska nedbrytningen av livsmedlet fortskrider. Om vi hittar bra genmarkörer som visar på nedbrytning kan de i framtiden användas som indikatorer för att beskriva och förutsäga förändringar i livsmedlets kvalitet.