Våra föremålssamlingar innehåller bland annat vetenskaplig forskningsutrustning, föremål med koppling till universitetets festtraditioner och studentliv samt möbler. Utrustning och instrument som använts i åskådningsundervisning och forskning har flyttats till museets samlingar bland annat från ämnena fysik, kemi, fysiologi, geologi och astronomi. I och med museets uppkomsthistoria har det också en mångsidig samling föremål med koppling till hälso- och sjukvårdens historia. Den innehåller vårdutrustning, möbler och kärl från sjukhus i olika delar av Finland samt vård- och forskningsutrustning med koppling till medicin, sjukvård, veterinärmedicin och odontologi.
Till universitetets konstsamlingar hör Finlands största porträttsamling Galleria Academica och annan målar-, tecknings- och skulpturkonst. De flesta verken visas i universitetets fastigheter. Man kan till exempel beundra verk från den historiska skulptursamlingen som består av gipskopior av antika skulpturer i universitetets huvudbyggnad. En del av konstsamlingarna är donerade, andra har universitetet aktivt anskaffat. Byggnadsritningssamlingen innehåller över 3 000 ritningar av universitetets byggnader.
Helsingfors universitetsmuseums fotografisamlingar innehåller uppskattningsvis 58 000 fotografier, av vilka cirka hälften har digitaliserats. Samlingarna innehåller fotografier av personer, byggnader, fester, studentliv, forskning och undervisning med anknytning till universitetets historia. Även vår omfattande samling av fotografier med anknytning till hälso- och sjukvårdens historia är populär bland forskare.
Museets arkivsamlingar innehåller material om läkarvetenskapens och sjukhusens historia samt om slöjdlärarutbildningens historia. Vårt bibliotek har ett litet universitetshistoriskt referensbibliotek och litteratur om läkarvetenskapens och hälso- och sjukvårdens historia. Arkivmaterial som anknyter till universitetet har i huvudsak deponerats i Helsingfors universitets arkiv.