Helsingfors universitet har spelat en viktig roll i museiväsendets tillkomst i Finland. Redan Kungliga Akademien i Åbo hade olika samlingar, och universitetets historisk-etnografiska samlingar stod som grund för Finlands Nationalmuseum. Dagens Vetenskapsmuseet Lågan har sina rötter i museer som grundades på 1900-talet.
Finlands museiväsendes rötter sträcker sig till Kungliga Akademien i Åbos samlingar. Redan på 1600-talet började man skaffa porträtt av professorer och kanslerer och hänga dem på väggarna i akademiens bibliotek. På 1700-talet började olika undervisningssamlingar växa till sig, såsom naturvetenskapliga prover, jordglober och myntsamlingar. Ordet museion (grekiska) eller museum (latin) användes i antiken i betydelsen skola och bibliotek – det syftar på konstens och vetenskapernas gudinnor, muserna.
Akademiens samlingar utökades både genom donationer och genom köp av föremål. Grunden för den naturhistoriska samlingen var professorn i anatomi Spörings mineralsamling, som akademien köpte 1749. Av medalj- och myntdonationer från olika håll skapades det numismatiska kabinettet år 1761. Grunden för den kulturhistoriska samlingen var fornlämningar som kaplan Israel Rhenius från Laihela hade samlat in i Österbotten och donerat till universitetet.
Första verket i Akademiens porträttsamling Galleria Academica var ett porträtt av generalguvernören, kansler Per Brahe, som han donerade 1652. Jochim Neiman, som anses vara en pionjär inom finländskt porträttmåleri, förevigade många professorer på 1650- och 1660-talet. Nästan alla porträtt förstördes dock i bränder 1738 och 1827.
Kejserliga Akademien i Åbo inrättade en museiinspektorstjänst 1811. Det var Finlands första museitjänst. Tjänsteinnehavarens främsta uppgift var att sköta och ansvara för det naturhistoriska museet, som även inbegrep det etnografiska kabinettet och myntkabinettet. Många samlingar förstördes i Åbo brand 1827, men en ganska stor del av Mynt- och medaljkabinettet kunde räddas ur ruinerna. Man började utöka samlingarna igen med hjälp av donationer och anskaffningar. Exempelvis köpte man på 1840-talet in målningar av Alexander Lauréus till Mynt- och konstkabinettet som fortfarande ingår i universitetets konstsamlingar. Man reserverade rikligt med plats för olika samlingar i den nya universitetsbyggnaden i Helsingfors som blev klar 1832.
De arkeologiska och etnografiska samlingarna fick 1849 en egen föreståndare och namnet Etnographiskt Museum. Fornlämningar från runt om i det finska storfurstendömet togs tillvara i universitetets samlingar innan Arkeologiska kommissionen, numera Museiverket, grundades på 1880-talet.
På 1850-talet började man öppna universitetets samlingar och visa dem för besökare i huvudbyggnaden en gång i veckan. Samlingar som öppnades var mynt- och medaljsamlingen, etnografiska museet, fysikaliska kabinettet, zoologiska museet, anatomiska museet med sina bensamlingar och mineralkabinettet. Även Observatoriets instrumentsamling hölls öppen för allmänheten. Etnografiska museet och mineralkabinettet flyttade in i den nya byggnaden Arppeanum 1869, då professorn i historia Zachris Topelius var föreståndare. Topelius utvecklade utställningen och museet, och under hans tid fick museet namnet historisk-etnografiska museet, vilket ofta förkortades till Historiska museet. Museets samlingar innehöll etnografiska föremål från Finland och från hela världen, kyrkliga föremål och fornfynd.
Universitetets samlingar omtalades många gånger i offentligheten under 1800-talet som ett nationalmuseum. Arbetet med att grunda ett statligt nationalmuseum inleddes på universitetets initiativ på 1880-talet, när universitetets lokaler började bli för trånga för samlingarna. Det nya nationalmuseet grundades 1893 genom en sammanslagning av universitetets historisk-etnografiska museum, Fornminnesföreningens samlingar och studentnationernas etnografiska museum. Alla dessa var på något sätt förknippade med universitetet, eftersom Fornminnesföreningens samlingar var insamlade av universitetets forskare och förvarades på universitetet, och studenterna var självklart en del av universitetsgemenskapen. Universitetets samlingar utgör alltså fundamentet för Finlands nationalmuseum och det finländska museiväsendet.
Finlands nationalmuseum öppnades för allmänheten 1916 i en ny byggnad. De naturvetenskapliga samlingarna stannade kvar i universitetets ägo. Mynt- och medaljkabinettet överlämnades 1920 till Nationalmuseet, men äganderätten överfördes från Helsingfors universitet till Nationalmuseet först 2022
Helsingfors universitet har haft museer även efter att Nationalmuseet grundades, även om utökningen av universitetets kulturhistoriska arv lyste med sin frånvaro under många årtionden.
Det äldsta av universitetets nuvarande museer är LUOMUS, det vill säga Naturhistoriska centralmuseet. Grunden för dess samlingar är de prover som föreningen Societas pro Fauna et Flora Fennica donerade till Helsingfors universitet 1858. I dag utökas dessa naturvetenskapliga nationalsamlingar främst genom forskningsprojekt och forskningsexpeditioner samt genom donationer. De äldsta proverna i museets botaniska samling är växtprover från 1600- och 1700-talen som räddades undan Åbo brand. I museet finns också en anatomisk bensamling som professor Evert Julius Bonsdorff samlade in på 1800-talet. LUOMUS grundades 1988 genom en sammanslagning av zoologiska museet, botaniska museet, geologiska museet och dateringslaboratoriet. Museet förvaltar och sköter Finlands naturvetenskapliga nationalsamlingar, som tillsammans omfattar mer än tio miljoner prover.
Helsingfors universitetsmuseum grundades 2003 genom en sammanslagning av flera små museer vid universitetet. Målet var att vid sidan av Naturhistoriska centralmuseet grunda en museihelhet som skulle presentera vetenskapens och forskningens historia. Museerna som slogs samman var Medicinhistoriska museet, Odontologiska museet, Veterinärhistoriska museet, slöjdlärarutbildningens samlingar och Helsingfors universitets museum. Utgående från museerna som presenteras nedan föddes det nya museet som fanns i Arppeanum fram till 2014. Efter det har museet haft sina utställningslokaler i universitetets huvudbyggnad.
Medicinhistoriska museet grundades 1937. Museets samlingar visades på översta våningen i huvudbyggnaden, men de förstördes vid bombningen av Helsingfors i februari 1944. På Finlands Läkarförbunds initiativ började man arbeta för att grunda ett nytt museum i anslutning till universitetet år 1955. En tämligen stor del av de föremål som samlades in för museet kom från allmänna sjukhus och länslasarett runtom i landet. Museet öppnades för allmänheten i Kirurgiska sjukhusets gårdsbyggnad 1970, och att bekanta sig med läkarvetenskapens historia var länge en del av läkarstudierna.
Odontologiska museet grundades 1979 då odontologiska institutionen flyttade från Fabiansgatan till Brunakärr. Till en början utökades samlingen i huvudsak med föremål från universitetets tandklinik, men genom åren kom museet att få en stor mängd donationer från privata tandläkare. Museets utställning öppnades på Brunakärrs tandklinik 1982.
Finlands Kommunalveterinärförbund grundade Veterinärhistoriska museet när förbundet fyllde 50 år 1973. Finlands Veterinärförbund skötte samlingarna, samlade in föremål och överlät det förnyade museet vid sitt 100-årsjubileum 1992 till dåvarande Veterinärmedicinska högskolan, som från och med 1995 varit Helsingfors universitets veterinärmedicinska fakultet. Museet låg i Veterinärmedicinska högskolans byggnad vid Tavastvägen. År 2004 flyttade fakulteten till Vik och den gamla byggnaden revs för att ge rum för nya bostadshus.
De slöjdvetenskapliga samlingarna kom till i Helsingin käsityönopettajaopisto (Helsingfors slöjdlärarinstitut), som slogs samman med universitetet på 1970-talet. Samlingarna innehöll övningsarbeten som utförts inom slöjdlärarutbildningen samt arbetsredskap och material som används inom området. De äldsta härstammar från mitten av 1800-talet. Samlingarna började kallas för ett museum på 1950-talet, då de fick ett eget rum och man började katalogisera dem.
År 1978 grundades Helsingfors universitets museum, i syfte att trygga bevarandet av universitetshistoriska föremål, värdefulla möbler, konstverk samt historiska forsknings- och observationsinstrument. Universitetet hade inte haft ett kulturhistoriskt museum på hundra år, och det nya museet började ta tillvara material som samlats under dessa årtionden. En museiutställning om universitetets och vetenskapens historia öppnades för allmänheten i källaren i universitetets förvaltningsbyggnad 1983.
Dessutom verkade universitetets Lantbruksmuseum i Vik i anslutning till Agrikultur-forstvetenskapliga fakulteten, tills även det anslöts till Helsingfors universitetsmuseum 2012. Museet blev till i början av 1900-talet av de samlingar som samlades in av professorn i jordbrukslära Gösta Grotenfelt. Museet låg i anslutning till undervisnings- och forskningsgården i Vik, i en museibyggnad ritad av professor Jussi Paatela 1938. Fastigheten drabbades av en vattenskada 2015 och som en följd av det blev museets samlingar svårt mögelskadade. Kärnan av samlingen kunde räddas och rengöras, och den donerades till Finlands lantbruksmuseum Sarka 2018. En liten del av samlingen stannade vid universitetet, till exempel Anton Ravander-Rauas djurskulpturer.
Helsingfors observatorium byggdes 1831–1834. Byggnaden ritades av arkitekten Carl Ludvig Engel (1778–1840) och professorn i astronomi F. W. A. Argelander (1799–1875). Några år tidigare hade Engel ritat ett nytt observatorium i Åbo, vilket Argelander färdigställde.
Efter Åbo brand flyttade universitetet till Helsingfors och den nya huvudstaden behövde ett nytt observatorium. Argelander hittade en lämplig plats för byggnaden på Ulricasborgs berg (nuvarande Observatorieberget). Observatoriet måste ha fri sikt upp mot skyn, men byggnaden måste också vara väl synlig från hamnen. Jämnt klockan 12 varje dag släppte man nämligen ner en tidssignalspåse från masten i observatoriets mellersta torn, så att fartygen i Södra hamnen kunde kontrollera att deras kronometrar visade rätt tid. Kronometrarna måste visa rätt tid för att fartygen skulle kunna navigera.
Engel ville att det nya observatoriet skulle bli ”en prydnad för staden”. Observatoriet kom att dominera Helsingfors stadsbild där det stod i den södra änden av Unionsgatan, stadens nya huvudgata i nord-sydlig riktning.
Den nya observationstekniken ställde höga krav på observatorieritningarna. Linsteleskopen som monterades på fasta fundament och som gick att rikta åt olika håll behövde vridbara torn med observationsluckor som skydd. Tre sådana torn byggdes på Helsingfors observatoriums tak. Engels observatorium i Helsingfors stod som förebild för Rysslands centralobservatorium i Pulkovo 1839. Observatoriet i Pulkovo stod i sin tur som modell för observatorier runt om i världen.
År 1890 blev tornet i observatoriets trädgård färdigt. I tornet placerades ett dubbelteleskop som användes för att fotografera stjärnor för det internationella projektet Carte du Ciel. Ritningarna till tornet gjordes av Gustaf Nyström (1856–1917). Det hade en flygel med ett mörkrum. År 1901 utvidgades flygeln med en observationspaviljong där man placerade ett stationärt teleskop som var riktat mot himmelspolen.
Observatoriet har renoverats flera gånger. I storbombningarna 1944 fick bl.a. tornet i trädgården stora skador, men själva observatoriet undgick större skador.
I och med att staden växte stördes de astronomiska observationerna allt mer av ljus och damm. Därför koncentrerades observationerna först till Skogstorp i Kyrkslätt på 1970-talet, och senare till internationella observationsplatser (bl.a. Kanarieöarna och Chile) och till observationssatelliter.
År 1969 ockuperades observatoriet av studenter som krävde att byggnaden skulle användas uteslutande för undervisning och forskning. De fick sin vilja igenom och rummen som Engel ritat som professorns bostad ändrades till bibliotek och arbetsrum. I den östra gårdsflygeln inreddes en lägenhet för vaktmästaren och västra flygeln byggdes om till en verkstad för tillverkning och reparation av instrument. Inför observatoriets 150-årsjubileum 1984 renoverades föreläsningssalen, Östrotundan, Västrotundan och tornen, och Meridiansalen blev utställningslokal.
Astronomiska institutionen lades ner 2010 i samband med universitetsreformen. Då grundades också avdelningen för geofysik och astronomi (nuförtiden avdelningen för partikelfysik och astrofysik) vid Institutionen för fysik på Campus Gumtäkt. Observatoriet genomgick en grundlig renovering 2011–2012.
I dag i Helsingfors observatorium verkar Vetenskapsmuseet Lågans astronomiska publikcentrum som är öppet för alla som är intresserade av rymden och astronomi. Ett av centrumets viktigaste mål är att väcka intresse för naturvetenskap hos ungdomar.
Helsingfors universitets ritsal har en historia med rötter i 1700-talet. Sedan 1600- och 1700-talet har europeiska universitet haft olika exercitiemästare för att lära ut praktiska färdigheter. Man hade för vana att komplettera den akademiska utbildningen med bland annat fäktning, ridning, musik, dans och teckning. När teckningsutbildningen egentligen började är dock en tolkningsfråga, eftersom teckningskonsten kom till universitetet redan på 1600-talet genom Kungliga Akademien i Åbos gravörer.
Den första konstnären som undervisade i teckning, stockholmaren Johan Oppenort, arbetade redan vid Helsingfors universitets föregångare, Kungliga Akademien i Åbo läsåret 1708–1709, men stora nordiska kriget avbröt den verksamheten i årtionden.
Universitetets studenter har fått undervisning i teckning oavbrutet sedan år 1748. I början betalade studenterna själva för undervisningen, men från och med 1803 fick ritmästaren årslön. Befattningen som ritmästare etablerades efter flytten till Helsingfors på 1830-talet. Efter flytten till Helsingfors undervisade Pehr Kruskopf vid universitetets ritsal. Han efterföljdes av sin elev Magnus von Wright. På den tiden befann sig Ritsalen i Kejserliga Alexanders-universitetets nya huvudbyggnad ritad av Carl Ludvig Engel.
Ritsalen flyttade 1870 till Arppeanum, en ny byggnad vid Senatstorget som byggdes för att inhysa universitetets övningssalar, kulturhistoriska samlingar och kemiundervisning. Då anställdes Adolf von Becker, som fått sin utbildning i Paris och som representerade en modern konstsyn och undervisade enligt utländska förebilder. Han fick också många elever. En av dem var Albert Edelfelt, som studerade vid filosofiska fakulteten och samtidigt fick grundundervisning i teckning. Adolf von Becker undervisade också personer utanför universitetet och grundade sin egen privatakademi i Ritsalens lokaler. Dit var också kvinnliga studenter välkomna mot terminsavgift. Bland von Beckers privatelever fanns bland annat Helene Schjerfbeck, Helena Westermarck och Maria Wiik.
Under slutet av 1800-talet flyttade ritsalen ofta, tills en ny byggnad för övningssalar byggdes i universitetskvarteret på Fabiansgatan 33. Huvudbyggnadens tillbyggnad stod klar i samma kvarter 1937, och Ritsalen flyttade in på översta våningen. Till de nuvarande lokalerna i Porthania flyttade Ritsalen år 1956.
Många framstående finländska konstnärer har undervisat i Ritsalen, till exempel Fredrik Ahlstedt, Eero Järnefelt, Väinö Blomstedt, Erkki Kulovesi och Åke Hellman. Ritsalen har vid sidan av Finska konstföreningens ritskola gett grundläggande konstundervisning till många finländska bildkonstnärer.