För organiseringen av forskningen och undervisningen är universitetet indelat i fakulteter. Fakulteten leds av dekanus. Dekanus ansvarar för fakultetens allmänna verksamhet, personaladministration och ekonomi. Fakulteten har ett fakultetsråd som har till uppgift att utveckla fakultetens övergripande verksamhet. Fakultetsrådet leds av dekanus.
Universitetet har 8 fristående institutioner som är inriktade på forskning och undervisning eller som producerar tjänster. De fristående institutionerna har en direktör och en direktion.
Vid universitetet finns mångvetenskapliga forskningsnätverk och enheter som sköter nationella myndighetsuppgifter. Helsingfors universitet deltar tillsammans med andra universitet i verksamheten vid universitetscentren som ligger på Lahtis, S:t Michel och Seinäjoki i Finland.