Vid Bio- och miljövetenskapliga fakulteten delas forskningen upp i tre forskningsprogram:
Tyngdpunkten inom forskningen vid farmaceutiska fakulteten ligger på läkemedelsforskning.
Vid Humanistiska fakulteten delas forskningen in i sex avdelningar, som vidare delas in i flera ämnesenheter.
Vid Avdelningen för digital humaniora fungerar dessutom det mångvetenskapliga Helsinki Centre for Digital Humanities.
En av fakultetens avdelningar är det riksomfattande forskningscentret för Ryssland- och Östeuropastudier, Alexanderinstitutet.
Vid Juridiska fakulteten delas forskningen inte in i ämnesenheter.
Vid Matematisk-naturvetenskapliga fakulteten delas forskningen in i sex avdelningar:
Dessutom ingår ett fristående institut i fakulteten, Forskningsinstitutet för fysik (HIP).
Vid Medicinska fakulteten delas forskningen in i tre enheter: Clinicum, Medicum och Forskningsprogramenheten.
Clinicum och Medicum delas in i flera avdelningar
Forskningsprogramenheten består av nio forskningsprogram.
Vid Pedagogiska fakulteten delas forskningen in i nio forskningssamfund:
Vid Statsvetenskapliga fakulteten delas forskningen in i tolv ämnesenheter:
Vid Teologiska fakulteten delas forskningen in i fem avdelningar:
Svenska social- och kommunalhögskolan (Soc&kom) är en samhällsvetenskaplig, svenskspråkig forsknings- och utbildningsenhet vid Helsingfors universitet.