Helsingin yliopiston historia voidaan jakaa kolmeen eri aikakauteen, jotka seuraavta suomalaisen yhteiskunnan kehitystä osana Ruotsin valtakuntaa, keisarillista Venäjää sekä lopulta osana itsenäistä Suomea.
Helsingin yliopiston historian ensimmäinen vaihe ulottuu sen perustamisesta Ruotsin valtakunnan yliopistona vuonna 1640 Suomen sotaan 1808 asti. Yliopisto perustettiin Kuninkaallisena Turun Akatemiana. Perustaminen oli jatkoa Suomen alueen asukkaiden pidempiaikaiselle kouluttautumisen perinteelle. Usean kymmenen Turun hiippakuntaan kuuluvan tiedetään opiskelleen Pariisin yliopistossa jo 1300-luvulla.
Yliopiston historian toinen vaihe Venäjän valtakunnan yliopistona kattaa Suomen Suuriruhtinaskunnan historian 1809-1917. Vuonn 1809 yliopisto vaihtoi nimekseen KeisarillinenTurun Akatemia. Kun yliopisto siirrettiin Helsinkiin 1828, muutettiin nimi Suomen Keisarilliseksi Aleksanterin Yliopistoksi.
Yliopiston historian kolmas vaihe Suomen tasavallan yliopistona alkaa Suomen itsenäistyttyä vuonna 1917. Yliopiston nimi muutettiin Helsingin yliopistoksi 1919.
Sivuston sisällön on toimittanut FM Pia Österman.
Kuninkaallinen Turun Akatemia, nykyinen Helsingin yliopisto, perustettiin vuonna 1640 osaksi monisatavuotista eurooppalaista yliopistoperinnettä. Etelä-Euroopan yliopistot kuten Bologna ja Salamanca ovat yli 900-vuotiaita ja pohjoismaisista yliopistoista vanhimmat, Kööpenhamina ja Uppsala yli 500-vuotiaita. Helsingin yliopisto on puolestaan Suomen vanhin yliopisto.
Yliopiston perustaminen oli jatkoa Suomen alueen asukkaiden pidempiaikaiselle kouluttautumisen perinteelle. Usean kymmenen Turun hiippakuntaan kuuluvan lahjakkaan nuorukaisen tiedetään opiskelleen Pariisin yliopistossa jo 1300-luvulla. Suomalainen Olavi Maununpoika toimi jopa Pariisin yliopiston rehtorina 1430-luvulla. Keskiajalla syntyperältään suomalaisia tavattiin myös opiskelemassa mm. Prahan, Rooman ja Louvainin yliopistoissa. Uuden testamentin suomentaneen Mikael Agricolan tiedetään opiskelleen Wittenbergissä uskonpuhdistuksen aikoihin 1530-luvulla ja tehneen siellä yhteistyötä mm. Martin Lutherin, Philipp Melanchthonin ja muiden uudistusliikkeen edustajien kanssa.
Helsingin yliopisto perustettiin Kuningatar Kristiinan hallitsijakaudella Turkuun 26.3.1640. Silloiselta nimeltään, Kuninkaallinen Turun Akatemia, yliopisto liitettiin osaksi perinteikästä yliopistojärjestelmää, jota leimasi kaikille eurooppalaisille yliopistoille yhteiset piirteet kuten latinankielinen opetus ja tiedekuntien nelijako. Akatemian perustamista edelsi Ruotsin opetuslaitoksen perusteellinen uudistaminen 1620-luvulla. Uudistus ilmensi Ruotsin 1600-luvulla saavuttamaa asemaa eurooppalaisena suurvaltana. Opetusuudistusten seurauksena vuosisatojen ajan ulkomaisiin yliopistoihin suuntautunut opiskelijavirta kääntyi valtakunnan neljään omaan yliopistoon; Uppsalaan (1477), Tarttoon (1632), Turkuun ja Lundiin (1666).
Yliopiston perustamista juuri Itämaan, eli nykyisen Suomen lounaiskolkkaan edistivät ensisijaisesti kreivi Per Brahe, Turun piispa Isaacus Rothovius ja Turun hovioikeuden presidentti Jöns Kurck. Kreivi Brahe odotti, että yliopiston avulla ”istutettaisiin kansaan oikea jumalanpelko, kunniallisuus, kunto, hyveet, luvalliset elinkeinot ja kaikenlainen hyvä elämä” myös täällä.
Kuninkaallinen Turun Akatemia oli yksi Ruotsin suurvaltakauden neljästä valtakunnallisesta yliopistosta. Sen ensisijainen tehtävä oli kouluttaa pappeja, virkamiehiä, lääkäreitä ja upseereita hyödyntämään työssään parasta käytössä olevaa tietoa. Perustamisasiakirjassa akatemian tehtäväksi määriteltiin luvallisten oppiaineiden, Pyhän Raamatun, lain ja oikeuden, lääketieteen sekä muiden tieteiden opettaminen ja harjoittaminen. Tämän lisäksi akatemiassa tehtiin tutkimusta, väiteltiin ja promovoitiin valmistuneita.
Akatemian opetus- ja tutkimustyö oli tiiviisti kytketty luterilaiseen teologiaan ja eurooppalaiseen humanismiin. Akatemia oli pappiskunnan koulutuksen keskus. Suurimmasta osasta sen ylioppilaista tuli pappeja. Yliopisto jakoi myös yleissivistystä ja renessanssihumanismin henkeä aatelis- ja porvarisnuorukaisille. Yliopistossa mietittiin mm. maailmankaikkeuden rakennetta, aineen olemusta ja mekaniikan lakeja. Sen piirissä kartoitettiin myös maan voimavaroja ja tutkittiin suomen kieltä ja kulttuuria.
Kristiinan yliopisto tai Auran yliopisto, kuten yliopistoa myös kutsuttiin, säilyi koko Turun kauden ajan suhteellisen pienenä. Vuonna 1640 akateemiseen yhteisöön kuului 250 ylioppilasta ja yksitoista professoria: kolme teologisessa, yksi lainopillisessa, yksi lääketieteellisessä ja kuusi filosofisessa tiedekunnassa. Ylioppilaiden ja professorien lukumäärä säilyi lähes muuttumattomana koko Turun kauden, 187 vuotta.
Ylioppilaat opiskelivat ensin filosofisessa tiedekunnassa, minkä jälkeen heillä oli mahdollisuus erikoistua teologisessa, lainopillisessa tai lääketieteellisessä tiedekunnassa. Vaikka yliopisto oli kooltaan pieni, oli sillä ratkaiseva merkitys uusien ajatusten välittäjänä ja herättäjänä.
Yliopisto perustettiin itsenäiseksi instituutioksi. Sen lisäksi, että yliopistolla oli oikeus jakaa oppiarvoja oli sillä oma hallinto, oikeudenkäyttö, rangaistusvalta sekä verovapaus. Akatemian itsenäisen aseman takasivat sen omat tulonlähteet. Yliopiston talous perustui vuoteen 1811 saakka veroläänityksiin; akatemia keräsi satojen maatilojen verot ja usean pitäjän kymmenykset ylläpitääkseen toimintaansa.
Yliopiston perustaja kuningatar Kristiina oli kiinnostunut tieteistä. Hän tuki yliopistoja ja palkkasi hoviinsa oppineita. Heihin lukeutui mm. kuuluisa filosofi, matemaatikko René Descartes. Helsingin yliopiston perustamisvuonna kuningatar oli vasta 13-vuotias.
Kuninkaallinen Turun Akatemia oli kiinteästi eurooppalaiseen yliopistoperinteeseen sidottu, mutta suhteellisen perifeerinen, vähävarainen ja tieteellisesti eristäytynyt yliopisto. Akatemian ansiosta suomalaisten opiskelijoiden ei kuitenkaan enää tarvinnut matkustaa Euroopan muihin yliopistoihin saadakseen asianmukaista opetusta.
Toisaalta juuri tämä vähensi suomalaisten suoria kontakteja Euroopan tiedekeskuksiin 1600-luvun lopulla ja siksi Turussa harjoitettava tiede, etenkin luonnontiede ja lääketiede jäivät jälkeen Manner-Euroopan nopeasta kehityksestä.
Kirkon ja yliopiston vahva sidonnaisuus vaikutti ratkaisevasti yliopistossa harjoitettavaan tieteeseen. Raamattua tutkittiin ja selitettiin ahkerasti samalla, kun sen auktoriteetti oli ehdoton; Raamatun kyseenalaistamista ei sallittu tieteen nimissä tai sen keinoin. Kaikki luterilaisesta tunnustuksesta poikkeavat käsitykset torjuttiin jyrkästi. Turussa osoitettiin epäluuloa montaa Manner-Euroopassa jo hyväksyttyä näkemystä kohtaan. Esimerkiksi kartesiolaisuuden ja kopernikanismin koettiin olevan ristiriidassa Raamatun kanssa ja nämä näkemykset torjuttiin.
Toisin kuin nykyään yliopistossa ei 1600-luvulla ollut tarkoitus harjoittaa uutta luovaa ajattelua tai tehdä tieteellisesti uutta tutkimusta. Kuninkaallinen Turun Akatemia ei varsinaisessa mielessä ollut tiedeyliopisto vaan pikemminkin kirkonmiesten opetus- ja koulutuslaitos. Akatemiassa opetettiin ainoastaan niitä teoksia, jotka yliopiston perussäännöissä, statuuteissa oli määrätty. Näin uusille pappissukupolville välitettiin ainoastaan oikeaksi todettua ja todistettua tietoa.
Kuninkaallisessa Turun Akatemiassa kirjoitettiin 1640-1808 yhteensä yli 3000 maisterinväitöstyötä. Näitä usein professorien kirjoittamia väitöksiä puolustamalla ylioppilaat osoittivat tieteellisen pätevyytensä. He vastasivat myös väitöskirjojen painatuskustannuksista. Erilaisia ajankohtaisia aiheita käsittelevät väitöskirjat muodostivat keskeisen foorumin uusimpien tieteellisten tulosten ja ajatusten välittämiselle ja tärkeän vaihtoehdon statuuttien tarkasti määrittelemälle luentokirjallisuudelle. Useat professorit julkaisivat laajemmat teoksensa juuri väitöskirjasarjoina.
Professorit luennoivat statuuttien määräysten mukaisesti yhden tunnin verran maanantaina, tiistaina, torstaina ja perjantaina. Keskiviikko ja lauantai oli varattu väittelyille. Tämän lisäksi ylioppilaille annettiin maksullista yksityisopetusta niin professoreiden kuin yksityisopettajien ja vanhempien ylioppilaiden toimesta. Akatemian professorit olivat monioppineita, joille siirtyminen tieteenalalta toiseen oli pikemminkin sääntö kuin poikkeus. Akatemian opetuskielinä toimivat latina ja ruotsi. Varojen puutteessa akatemiassa ei tehty tieteellisiä kokeita eikä hankittu havaintovälineitä professorien henkilökohtaisten instrumenttien lisäksi.
Tiedekunnista suurin, filosofinen tiedekunta oli luonteeltaan perustiedekunta, jossa kaikki ylioppilaat aloittivat opintonsa. Vasta tämän jälkeen heillä oli mahdollisuus erikoistua muissa tiedekunnissa. Filosofisen tiedekunnan piirissä suomenkielen tutkimus käynnistyi nopeasti. Professori Aeschilleus Petraeus (1593-1657) julkaisi jo 1649 suomen kielen kuvauksen Linguae Finnicae brevis institutio. Muiden kielien osalta luettiin ahkerasti klassisia kieliä eli Raamatun alkukieliä hepreaa, kreikkaa ja latinaa. Myös retoriikan opetus sopi hyvin pappiskoulutukseen.
Parhaimpiin tieteellisiin tuloksiin 1600-luvun akatemiassa päästiin Raamatun alkukielen heprean tutkimuksessa. Piispa Johannes Gezelius vanhempi ryhtyi 1670-luvun alussa laatimaan tekstikriittistä ruotsinkielistä Raamatun selitysteosta. Hän koulutti myös poikansa Johannes Gezelius nuoremman tähän työhön. Heidän kansainvälisesti korkeatasoinen teos julkaistiin vuonna 1728.
Yliopistolla annettiin musiikin, piirustuksen, miekkailun, ratsastuksen ja modernien kielten kuten ranskan ja italian opetusta. Näitä nuoren aatelismiehen tarvitsemia taitoja opettivat yliopistossa opiskeleville säätyläisnuorille alansa ammattilaiset, tarkoitusta varten palkatut harjoitusmestarit. Yliopistolla toimi siis miekkailunopettaja ja ratsastuksenopettaja siinä missä kreikankielen professorikin.
Harjoitusmestarilaitoksen ansiosta yliopistotoiminta monipuolistui huomattavasti. Monet nykyiset tieteenalat kuten modernien kielien tutkimus ja opetus, musiikkitiede, liikuntatieteet sekä instituutiot kuten yliopiston piirustuslaitos ovat peräisin harjoitusmestarilaitoksesta.
Hattu-puolueen noustua valtaan 1739 levisi Ruotsin valtakunnassa ajatus oman maan resurssien paremmasta hyödyntämisestä niin teollisuuden kuin maatalouden aloilla. Tämä edellytti maan luonnonvarojen ja väestön tarkkaa kartoitustyötä.
Tilastollisesta tutkimuksesta tulikin olennainen osa Ruotsin yliopistojen, myös Turun tieteellistä toimintaa. Samalla kun eri paikkakuntien tietoja kerättiin tehtiin useita historiallisia paikalliskuvauksia, jotka sittemmin ovat osoittautuneet arvokkaiksi.
Aikakausi 1740-1760 oli Turun akatemiassa hyötyajattelun kulta-aikaa. Aivan kuten muihin Ruotsin yliopistoihin perustettiin Turkuun uusi talousopin oppituoli. Myös tieteen tekemisen materiaalisia olosuhteita parannettiin rakentamalla Turkuun kemian laboratorio, anatomian laitos, akatemian oma puutarha ja apteekki. Myös vaatimatonta kirjastoa laajennettiin.
Hyödyn aikakausi merkitsi luonnontieteiden arvostuksen nousua suhteessa klassillisiin tieteisiin. 1700-luvun alussa ruotsalaiset tutkijat kuten Anders Celsius (1791-1744) ja Carl von Linné (1707-1778) tekivät ruotsalaisesta luonnontieteellisestä tutkimuksesta maailmankuulun. Teologian uuden suuntauksen, luonnollisen teologian mukaan luonto itsessään osoitti Jumalan olemassaolon ja ihminen ylisti Jumalaa hyödyntämällä luonnontieteitä. Luonnontieteellisen tutkimuksen ei siis koettu olevan ristiriidassa uskonnon kanssa. Päinvastoin, Jumala oli luonut kokonaisuuden, jossa jokaisella asialla ja oliolla oli tehtävä ja tämä tehtävä tieteen tuli selvittää.
Kuninkaallisessa Turun Akatemiassa suosittiin yhteiskunnallisesti merkityksellistä ja käytännönläheistä tutkimusta. Talousopin professori P. Kalmin (1716-1779) ja kemian professori P. A. Gaddin (1727-1797) johdolla tehdyt väitöskirjat olivat suorastaan opaskirjan kaltaisia ja ne pyrittiin julkaisemaan latinan sijasta ruotsiksi. Tarkoituksena oli, että maalaispapit niiden avulla pystyivät hyödyntämään tutkimustietoa palatessaan kotipaikkakunnalleen.
Käytännönläheinen tutkimus keskittyi ensisijaisesti maa- ja metsätalouteen. Väitöskirjoissa annettiin ohjeita peltojen ojituksesta, viljan kylvöstä, metsänhoidosta, oman keittiöpuutarhan hoidosta sekä myös erilaisten kotimaisiin raaka-aineisiin perustuvien ruokien, juomien ja lääkkeiden valmistuksesta. Kemian alalla tutkittiin mm. värikasveja, alunaa, potaskaa, salpietaria, muurilaastia ja sementtiä. Eräs Hattu-puolueen merkantilistisen politiikan tavoite oli välttää kallis maahantuonti. Siksi myös tuontitavaroita kuten silkkiä, mausteita, väriaineita, tupakkaa ja puuvillaa pyrittiin yliopiston professorien asiantuntemusta hyödyntäen tuottamaan kotimaisesti, useimmiten kehnoin tuloksin.
Uudet ajatukset väestöstä yhteiskunnallisena voimavarana sekä uudet lääketieteelliset suuntaukset johtivat puolestaan siihen, että sairauden- ja terveydenhoitoon alettiin kiinnittää aiempaa suurempaa huomiota. Maa oli harvaan asuttu eikä koulutettuja lääkäreitä usein ollut tarjolla kun heitä tarvittiin.
Kansa turvautui kansanparantajiin ja perimätietoon sekä lukkareiden, partureiden ja sotaväen piirissä koulutuksen saaneiden välskäreiden apuun. Pitäjänhallinnon johtajina myös papit hoitivat terveyden- ja sairaanhoitoon liittyviä asioita, olihan heillä lukemisen taito ja yhteys korkeampiin voimiin.
Pappilat toimivat usealla paikkakunnalla eräänlaisina terveyskeskuksina. Hyödyn aikakautena papeilta edellytettiin entistä paremmpia lääketieteellisiä perusvalmiuksia, jotta he voisivat olla suuremmaksi avuksi kotipaikkakunnallaan. Papeille asetetut suuremmat tavoitteet edellyttivät lääketieteen alan kehitystä yliopistolla.
Turussa lääketieteen opetusta uudisti professori Elias Til-Landz (1640-93), joka mm. suoritti Turun ensimmäisen anatomisen näytöksen eli ensimmäisen ihmisruumiin anatomisen leikkelyn. Til-Landz oli myös kiinnostunut kasvitieteestä ja edisti farmasian alaa mm. kehittämällä ja luetteloimalla parantavia rohdoskasveja.
Tiede kehittyi nopeasti 1700-luvun lopun Euroopassa. Matematiikan ja fysiikan aloilla tehtiin useita uusia oivalluksia kuten Sir Isaac Newtonin esittämä painovoimateoria. Myös Kuninkaallinen Turun Akatemia koki 1700-luvun lopulla merkittävän kehitysvaiheen. Käytännönläheisistä tieteistä siirryttiin teoreettisempaan tutkimukseen ja systemaattisiin havaintoihin mm. tähtitieteen, fysiikan ja kemian alalla. Akatemiassa mietittiin maailmankaikkeuden rakennetta, aineen olemusta ja mekaniikan lakeja.
Akatemian nousu luonnontieteiden aloilla perustui lisääntyneisiin kansainvälisiin yhteyksiin ja erityisen lahjakkaisiin yksilöihin. Heistä merkittävimmät olivat tähtitieteilijä A. J. Lexell (1740-1784), joka laski vuonna 1770 havaitun, sittemmin hänen mukaansa nimetyn komeetan radan sekä mineraalikemisti Johan Gadolin (1760-1852), joka saavutti maailmanmainetta löytäessään vuonna 1794 uuden alkuaineen, yttriumin (Y).
Akatemian jäsenten yhteydet muihin Ruotsin ja Manner-Euroopan tiedekeskuksiin lisääntyivät huomattavasti 1700-luvun lopulla. Ylioppilaat ja opettajat tekivät matkoja muihin eurooppalaisiin yliopistoihin ylläpitääkseen yhteyksiä tieteen uusiin suuntauksiin. Professorit kuten uushumanisti H. G. Porthan, teologi J. Gezelius, kemisti J. Gadolin ja lääkäri E. Til-Landz välittivät tutkimuksensa ja opetuksensa kautta matkoillaan saamiaan uusia ajatuksia palatessaan Turkuun. Näin pysyttiin huomattavasti aiempaa paremmin ajan tasalla tieteen uusista suuntauksista ja tutkimusmenetelmistä.
Luonnontieteiden kehityksen lisäksi klassilliset kielet ja antiikin ihanteet nousivat jälleen arvostettuun asemaan uuden yleiseurooppalaisen aatesuuntauksen, uushumanismin ansiosta 1700-luvun lopulla. Tämä näkyi mm. latinankielen aseman vahvistumisena opetus- ja tutkintokielenä. Uushumanismi sai innostusta Herculaneumissa, Pompeijissä ja Roomassa tehdyistä kaivauksista. Turussa sen merkittävin edustaja oli aikakauden keskushahmo, kaunopuheisuuden professori H. G. Porthan (1739-1804).
Turun Kuninkaallinen Akatemia eli Ruotsin vallan kauden loppuessa kukoistuskauttaan.
Ruotsin ja Venäjän välillä käyty Suomen sota (1808-1809) merkitsi suurta murrosta Suomen historiassa. Sen seurauksena Suomi sai Venäjän valtakunnan alaisena Suomen suuriruhtinaskuntana itsehallinnon ja valtiollisen luonteen. Yliopistosta tuli keisarillinen venäläinen yliopisto, joka tunnettiin nimillä Keisarillinen Turun Akatemia, Aleksanterin Akatemia Suomessa ja Keisarillinen Turun Yliopisto.
Suomen Keisarillisella Aleksanterin Yliopistolla oli erityisasema; Venäjän kruununperijä toimi yliopiston kanslerina lähes koko 1800-luvun ajan. Suomalainen yliopisto oli siis suoraan keisarin alainen, ei alistettu kenraalikuvernöörin ja Senaatin alaiseen hallintojärjestelmään. Yliopiston kansleri oli arvossa korkeampi kuin kenraalikuvernööri.
Keisari Aleksanteri I antoi yliopistolle keskeisen sijan uudessa suuriruhtinaskunnassa ja laajensi yliopistoa ennenäkemättömällä tavalla. Yliopiston menosääty kaksinkertaistettiin uudessa menoarviossa vuonna 1811. Yliopiston taloudellinen itsenäisyys väheni kuitenkin sen talouden siirtyessä omasta veroläänityksestä yleisen valtiontalouden piiriin. Yliopistoon perustettiin myös useita uusia virkoja. Näistä kuusi oli professuureja: yksi teologisessa, yksi oikeustieteellisessä ja yksi lääketieteellisessä sekä peräti kolme uutta filosofisessa tiedekunnassa. Lisäksi perustettiin 12 apulaisen virkaa, kolme kielenopetuksen lehtoraattia ja kolme harjoitusmestarin virkaa vakinaistettiin.
Laajennus oli niin suuri, että se teki yliopistosta suorastaan uuden oppilaitoksen. Vastaavanlaista laajennusta ei yliopiston historiassa ole sen koommin nähty. Myös pidemmällä aikavälillä, koko venäläisenä kautena 1809-1917 yliopisto laajeni merkittävästi. Professorien määrä kymmenkertaistui ja opiskelijoiden määrä kuusinkertaistui noin 400:sta reiluun 3000:een.
Turussa hyvin alkanut toiminta katkesi dramaattisesti kaupungissa riehuneeseen tulipaloon vuonna 1827, jossa lähes koko kaupunki tuhoutui. Myös suuri osa yliopiston rakennuksista vaurioitui ja osa sen kokoelmista sekä muusta omaisuudesta tuhoutui. Uusi hallitsija, keisari Nikolai I tarjosi myös lisädramatiikkaa. Pian palon jälkeen kuriiri toi yliopiston johdolle manifestin, joka määräsi, että yliopisto tuli omaisuuksineen, henkilökuntineen, professoreineen ja ylioppilaineen siirtää Suomen suuriruhtinaskunnan uuteen hallinnolliseen ytimeen, sen uuteen pääkaupunkiin, Helsinkiin.
Muuton myötä yliopisto sai symbolisesti tärkeän aseman ja useita näyttäviä rakennuksia pääkaupungin keskustassa. Yliopiston päärakennus (1832) sijoitettiin Helsingin keskeisimmälle paikalle senaattia vastapäätä. Akateeminen yhteisö pystyi näin seuraamaan suomalaista yhteiskuntaa keskeiseltä paikalta ja keisarin edustajat valvomaan yliopistoa.
Päärakennuksen, aivan kuten Senaatintorin muutkin rakennukset suunnitteli arkkitehti C. L. Engel (1778-1840). Hänen arkkitehtuurissaan uusi pääkaupunki edusti Venäjän kreikkalais-keisarillista humanismia. Yliopiston päärakennuksen klassillinen arkkitehtuuri viittaa antiikin kulttuuriperintöön. Päärakennuksen lisäksi yliopisto sai useita muita tiloja: kliinisen sairaalan ja lapsenpäästölaitoksen (1832), kasvitieteellisen puutarhan (1832), tähtitieteellisen observatorion (1834) ja yliopistollisen kirjaston (1840). Yliopiston voimakas läsnäolo Helsingin ydinkeskustassa sai näin alkunsa.
Kaikki yliopiston luonnontieteelliset kokoelmat olivat tuhoutuneet Turun palossa, joten keruutyö oli aloitettava alusta. Tiedon keruu ja kartoitus sekä linnéläinen systematisointiperinne kukoisti Helsingissä 1800-luvun alkupuolella. Kotimaan luonto, maisema ja ilmasto kartoitettiin ja Suomen kasveja, eläimiä ja mineralogiaa kuvaavia kokoelmia kerättiin. Suomalaisesta loismatotutkija Alexander von Nordmannista (1803-1866) ja jäkälätieteilijä William Nylanderista (1822-1899) tuli kansainvälisesti kuuluisia tekemiensä näytteiden keräys-, tutkimus- ja systematisointityön ansiosta.
1820-luvulla yliopistossa omaksuttiin saksalaisen Wilhelm von Humboldtin ( 1767-1835) vuonna 1809 muotoilema sivistysyliopiston aate. Tavoitteena oli sivistää ihmistä ja lisätä hänen itsetuntemustaan tieteen avulla; Bildung durch Wissenschaft. Humboldtilainen aate oli vapaamielisyydessään ja tieteellisyyden korostuksessaan erittäin moderni ja kauaskatseinen. Merkittävin uushumanistisen aatteen soveltaja Helsingissä oli professori J. V. Snellman.
Saksalaista uushumanismia sovellettiin yliopiston uusissa statuuteissa vuonna 1828. Saksalaisen yliopistomallin mukaisesti monitieteinen opiskelu tuli korvata syvällisellä perehtymisellä johonkin rajattuun aihepiiriin. Tohtorin arvo, joka aiemmin oli ollut maisterin arvon synonyymi, muutettiin tieteelliseksi arvoksi, joka vaati lisäopintojen suorittamista. Vaatimukseksi tuli myös, että väittelevän oli itse laadittava oma opinnäytteensä. Tutkimus kohosi aiempaa huomattavasti keskeisempään asemaan ja useimmilla tieteenaloilla pyrittiin aiemmasta poiketen erikoistumaan. Vuonna 1828 otettiin näin merkittävä askel kohti nykyisenkaltaista tiedeyliopistoa.
Myös tiedekuntien arvojärjestys muuttui. Opiskeluun pääsyä tiukennettiin, mikä osittain nosti propedeuttisen vastuun filosofisen tiedekunnan harteilta. Filosofisesta tiedekunnasta tuli varsinainen tohtoritiedekunta ja muut tiedekunnat painottuivat ammattikasvatukseen. Oikeustieteellisellä tiedekunnalla oli keskeinen asema sen osallistuessa Suomen suuriruhtinaskunnan oikeusjärjestyksen rakentamiseen ja se kasvoi tiedekunnista suhteellisesti eniten 1800-luvun alussa.
Sivistys- ja tiedeyliopiston ihanteen mukaisesti yliopisto omaksui myös kansallisen ja yleisen sivistystehtävän. Yliopiston statuuttien ensimmäisen pykälän sisältö oli kokonaisuudessaan: ”Keisarillinen Aleksanterin Yliopisto on perustettu edistämään Tieteiden ja vapaiden Taiteiden kehitystä Suomessa, ja sen ohessa kasvattamaan sen nuoriso Keisarin ja Isänmaan palvelukseen”. Yliopiston tuli kantaa vastuu virkamies- ja kansalaismoraalista, jakaa sivistystä ja vastuuta, kasvattaa omakohtaiseen ajatteluun ja vapaaseen tutkimukseen.
Nimenomaan yliopisto sai tehtäväkseen luoda Suomen suuriruhtinaskunnan asukkaista kansakunta. Sivistysyliopiston ihanteen ja Euroopassa vallalla olleen kansallisromanttisen aatteen kohdatessa autonomisen Suomen Keisarillisessa Aleksanterin Yliopistossa heräsi suomalainen kansallisuusaate. Missään muualla maailmassa ei yliopistolla ole ollut yhtä keskeistä asemaa kansallisen hengen herättäjänä kuin Suomessa.
1800- ja 1900-lukujen vaihde oli tapahtumarikas kausi. Niin tutkimuksessa kuin politiikassa sovellettiin uutta kriittisempää ajattelua. Opiskelu- ja tutkimusmuodot kehittyivät ja yhä useammat tieteenalat erikoistuivat ja eriytyivät.
1800-luvun loppu ja 1900-luvun alku olivat tieteen ja tutkimuksen voimakasta nousukautta Euroopassa. Kirjapainotekniikan kehittymisen ja painatuksen halpenemisen myötä painetun ja tutkitun ajantasaisen tiedon määrä kasvoi nopeasti. Tutkimustoiminnan laajentuminen ja matkustamisen lisääntyminen muuttivat myös Suomen Keisarillisen Aleksanterin Yliopiston opetusta ja tutkimusta 1800-luvun lopulla. Muutos ilmeni mm. laboratorio- ja seminaaritutkimuksen käynnistämisenä, opetuksen ja tutkimuksen tehostumisena, väitöskirjojen laadun kohentumisena ja uusina tieteenaloina.
Tieteessä kriittinen tutkimusote voimistui. Lähdekritiikki lisääntyi ja mittaustulokset tarkentuivat. Kvantitatiiviset metodit olivat ajalle ominaisia; operoitiin numeroilla, kokeilla ja tilastoilla. Metodikriittinen ote korvasi uskonnollis-idealistisen maailmankuvan ja ihannoivan romanttisen tieteellisen otteen. Aikalaiset kokivat, että oltiin siirrytty mystisistä ja yliluonnollisista selityksistä eksaktiin tieteelliseen tutkimukseen.
Luonnontieteissä laboratoriotutkimus ja –opetus lisääntyivät. Laboratorioita varten rakennettiin niiden edellyttämiä uusia tiloja mm. kemian-, fysiikan-, fysiologian- ja kasvitieteen laitos sekä patologis-anatominen instituutti. Laboratoriot mahdollistivat uudenlaisen tieteellisen tutkimuksen. Suomalainen tiede menestyikin empiiristen menetelmien, mittauksien ja kokeiden käytössä.
1900-luvun alun merkittävimpiin suomalaisiin tieteellisiin saavutuksiin kuuluu Robert Tigerstedtin verenkiertoon kohdistuvat tutkimukset, Gunnar Ekmanin työt vesiliskon alkiokehityksestä, Fredrik Elfvingin kokeet kasvien kasvusuunnasta, E. A. Homénin streptokokkikokeet, V. A. Heiskasen painovoimahavainnot, Yrjö Väisälän kolmiomittaukset geodeettiselle perusviivalle, Jarl Wasastjernan atomin kokoa koskevat mittaukset, J. J. Sederholmin kallioperätutkimukset ja Yrjö Ilvessalon metsien inventaarioprojekti. Teoreettisten tieteiden osalta K. F. Sundman ratkaisi dynamiikassa 1912 kolmen kappaleen probleeman ja Gunnar Nordström kilpaili Albert Einsteinin kanssa suhteellisuusteorian skalaarisen painovoimateorian alueella.
Humanistisissa aineissa otettiin käyttöön seminaari- eli pienryhmäopetus. Seminaareihin liittyi usein tarkoitusta varten kerätty, alan kirjallisuudesta koostuva seminaarikirjasto. Niiden ympärille kehittyi myöhemmin luonnontieteiden laboratorioiden kaltaisia laitoksia työhuoneineen ja luentosaleineen. Tilastoivan aikakauden ilmentyminä rakennettiin Suomeen myös arkeologian ja kansantieteen tutkimukselle keskeinen Kansallismuseo, historioitsijoille merkittävä Valtionarkisto, fennougristeille keskeinen Suomalaisen Kirjallisuuden Seuran talo ja taidehistorioitsijoille hyödyllinen Ateneum.
Tieteellisen muutoksen ohella koettiin myös merkittävä yhteiskunnallinen muutos. Sääty-yhteiskunta kehittyi kohti kansalaisyhteiskuntaa ja kansan yleinen sivistystaso nousi merkittävästi. Yliopiston opiskelijakunta suomenkielistyi ja sen sosiaalinen tausta muuttui. Yliopistokoulutuksesta kehittyi aiempaa merkittävämpi sosiaalisen nousun väylä. Ensimmäisen maailmansodan vuosina yli kolme neljäsosaa yliopistoon kirjoittautuneista uusista ylioppilaista ilmoitti puhuvansa äidinkielenään suomea.
Vuosisadan vaihteessa yliopisto koki voimakkaan kasvuvaiheen. Opettajakunta moninkertaistui ja jo aiemmin perustettujen dosentin virkojen määrä lähti huomattavaan kasvuun. Kehitys oli seurausta tieteellisestä erikoistumisesta, eräänlaista luonnollista kasvua. Uusien virkojen kautta monet tieteenalat kuten kemia, geologia, geodesia, meteorologia, hydrologia, elintarviketiede, maataloustiede ja metsätiede vakiinnuttivat asemansa. Opiskelijoiden määrä kasvoi niin paljon, että aikalaiset puhuivat suoranaisesta opiskelijatulvasta. Ensimmäisen maailmansodan aikaan (1914-17) yliopistossa oli keskimäärin 3000 läsnäolevaa opiskelijaa. Kasvuun vaikutti merkittävästi naisten saama opiskeluoikeus. Yliopiston, sen professorikunnan ja opiskelijoiden määrän suuri kasvu johti myös tiedekuntien kasvuun ja niiden eriytymiseen.
Vuosisadan vaihde oli taloudellisen kasvun aikaa niin Suomelle kuin yliopistolle. Metsäteollisuuden vetämänä maa vaurastui ja uusi teknologia kuten lennätin ja rautatie modernisoivat yhteiskuntaa. Koulutuksen kysyntä kasvoi; valtion virkojen määrä kuusinkertaistui 1870-1910. Myös kasvava teknistyvä ja sähköistyvä teollisuus tarvitsi lisää tutkimustietoa ja korkeasti koulutettuja henkilöitä palvelukseensa. Tämän seurauksena perustettiin Teknillinen korkeakoulu (1908) ja Kauppakorkeakoulu (1911) yliopistosta erillään kauppa- ja teollisuusministeriön alaisuuteen. Yliopiston filosofisen tiedekunnan alaisuuteen perustettiin maanviljelys-taloudellinen osasto (1902) edistämään maa- ja metsätalousalojen opetusta ja tutkimusta. Osasto kehittyi nopeasti omaksi maatalous-metsätieteelliseksi tiedekunnakseen (1924).
Ylioppilasmäärän voimakas kasvu vuosisadan vaihteessa sekä korkeakoulujen perustaminen herätti keskustelun Helsingin ulkopuolella järjestettävästä yliopistollisesta opetuksesta. Kansalaisten toimesta kerättiin varat kahden uuden yliopiston perustamiseksi Turkuun. Ensimmäinen maailmansota kuitenkin katkaisi nämä suunnitelmat ja ruotsinkielinen Åbo Akademi (1919) ja Turun Suomalainen Yliopisto (1922) perustettiin vasta itsenäisen Suomen tasavallan toimesta.
Ensimmäisen maailmansodan (1914-17) lopussa Suomi irtautui Venäjän imperiumista ja saavutti itsenäisyyden. Yliopisto sai jälleen kerran mukautua uuteen tilanteeseen. Helmikuussa 1919 annetulla asetuksella sen nimi muutettiin Helsingin yliopistoksi. Samana vuonna yliopiston hallinto-oikeuden professori K. J. Ståhlberg nimettiin Tasavallan ensimmäiseksi presidentiksi.
Yliopisto otti myös itsenäisessä Suomessa tehtäväkseen kansallisen sivistysprojektin. Tiede suunnattiin edistämään uuden kansankunnan rakentamista ja yhteiskunnallista kehitystä. Niitä tieteitä, joita uusi valtio tarvitsi tullakseen toimeen ja vaurastuakseen kehitettiin voimakkaasti. Näitä olivat esimerkiksi valtio-, lääke-, kansan-, metsä- ja agraaritiede. Tieteen avulla tuettiin kansallista ideologiaa ja perusteltiin suomalaisen yhteiskunnan itsenäisyys sekä uuden kansakunnan synty. Suomen sisällisodan (1917-18) voittaneen valkoisen puolen politiikan yksi kulmakivi oli opetuksen ja sivistyksen levittäminen kansan joukossa; näin ehkäistäisiin jatkossa sisällissodan kaltainen kehitys.
Suomen Senaatti otti haltuunsa aiemmin keisarille kuuluneen vallan yliopistoon nähden. Yliopistoa ei siis asettetu suoraan maan ylimmän johdon, presidentin alaiseksi; keisarin ja kanslerin asema korvattiin opetus- ja kirkkoasiain ministerillä ja tasavallan hallituksella. Suomen tasavallan hallintomuodon 77 §:ssä määrättiin, että yliopisto sai pitää itsehallinto-oikeutensa. Kanslerin tuli myös jatkossa olla yliopiston edustaja suhteessa valtiovaltaan. Kanslerille myönnettiin lisäksi oikeus osallistua valtioneuvoston istuntoihin silloin, kun käsiteltiin yliopistoa koskevia asioita. Helsingin yliopiston toimintaperjaatteet kirjattiin uusiin statuutteihin vuonna 1924.
Heti itsenäistymisen jälkeen Suomen tasavallan ulkomaanedustusto rakentui suurilta osin Helsingin yliopiston varaan. Yliopiston professoreilla ja tutkijoilla oli työhön tarvittava kielitaito ja kulttuurituntemus sekä entuudesta runsaasti kansainvälisiä yhteyksiä. Yliopiston opettajilla oli myös varsin keskeinen asema eduskunnassa ja valtioneuvostossa. Puolet Suomen pääministereistä vuosina 1918-1944 oli yliopiston professoreita. Myös Suomen laajennettu hallintokoneisto, koululaitos, armeija ja elinkeinoelämä tarvitsivat akateemisesti koulutettuja henkilöitä palvelukseensa. Akateemisen koulutuksen lisäämisen tarve oli suuri.
Suomen tasavallalla oli kuitenkin suuria vaikeuksia rahoittaa yliopiston toimintaa. Varojen puutteessa uusia yliopistollisia virkoja ei voitu perustaa eikä tutkimushankkeita tukea. Tiede oli kriisissä. Moni tutkija vaihtoi alaa, siirtyi teollisuuden ja hallinnon palvelukseen tai muutti ulkomaille. Suomen tieteen 1900-luvun alussa lupaavasti alkanut kehitys oli vaarassa. Kun kävi ilmi, että Suomi oli jäämässä jälkeen tieteen nopeasta kehityksestä ryhtyivä eräät ministeriöt, rahastot ja sekä kotimaiset että ulkomaiset säätiöt rahoittamaan osaa yliopiston tutkimuksesta.
Vuodesta 1924 yliopisto koostui viidestä tiedekunnasta. Ne olivat teologinen, juridinen, lääketieteellinen, filosofinen ja maatalous-metsätieteellinen tiedekunta. Filosofinen tiedekunta jakautui kahteen osastoon: historiallis-kielitieteellinen ja matemaattis-luonnontieteellinen. 1900-luvun alkuvuosina lähes kaksi kolmannesta opiskelijoista oli kirjoilla filosofisessa tiedekunnassa. Tilanne muuttui vähitellen muiden tiedekuntien uusien opintoalojen vakiintuessa. 1900-luvun puoleen väliin mennessä yliopistollisen opetuksen painopiste siirtyi humanistisesta ja yhteiskuntatieteellisestä teknillis-luonnontieteellis-lääketieteelliseen.
Vuonna 1920 Helsingin yliopistossa toimi 56 varsinaista professoria. Vuoteen 1930 mennessä virkoja lisättiin 30:llä. Kaikkiaan opetusvirkojen määärä oli 142 vuonna 1920 ja peräti 256 vuonna 1940. Jakamalla oppialoja, perustamalla uusia virkoja uusille aloille ja vakinaistamalla ylimääräisiä professuureja yliopiston tutkimusta ja opetusta monipuolistettiin. Osasyynä virkojen lisääntymiselle oli ruotsin- ja suomenkielisten rinnakkaisvirkojen perustaminen, joka oli seurausta yliopistolla varsin radikaaaleja muotoja saaneista kielikiistoista.
Myös yliopiston toimitiloja laajennettiin. Uusia tiloja rakennettiin Siltavuorenpenkereelle ja Töölöön ja pidempiaikainen rakennussuunnitelma tehtiin sekä päärakennuksen laajennustyöstä, että Metsätalon, odontologis-serologisen laitoksen ja naistenkliniikan rakentamisesta.
Opiskelijoiden määrä lähti voimakkaaseen nousuun 1920-luvun lopussa. Vuonna 1930 läsnäolevien ylioppilaiden määrä ylitti 5000:n rajan. 1930-luvun alussa Suomi kuului niihin maihin, jossa oli eniten korkeakouluopiskelijoita väestömäärän nähden.
Suomen itsenäistyessä Helsingin yliopisto oli tasavallan ainoa yliopisto. Sen rinnalle perustettiin pian kaksi uutta yliopistoa; Åbo Akademi (1919) ja Turun Suomalainen Yliopisto (1922) sekä uusia korkeakouluja, jotka pian tarjosivat merkittävän lisän maan tiedeyhteisölle.
Joulukuussa 1939 talvisota keskeytti opetuksen ja tutkimuksen Helsingin yliopistossa. Palveluskelpoiset miehet komennettiin armeijaan ja yliopiston kokoelmat evakuoitiin. Talvisodassa kaatui 520 nuorta tutkijaa ja opiskelijaa. Useita vuosia kestänneen jatkosodan (1941-44) aikana yliopisto teki parhaimpansa, jotta ylioppilailla kaikesta huolimatta olisi mahdollisuus opiskella. Rintamalle lähettettiin lukupaketteja ja jopa vierailevia luennoitsijoita. Sota katkaisi kuitenkin monen opinnot ja sotien jälkeen paluu luentosaleihin oli monelle suuri haaste. Helsingin ilmapommituksissa 1944 yliopiston päärakennus sai osuman, jossa mm. juhlasalin alkuperäiset taideteokset tuhoutuivat. Välirauhan aikana 1940 marsalkka Mannerheim luovutti yliopistolle Suomen Vapaudenristin sen isänmaallisesta panoksesta.
Toisen maailmansodan päätyttyä sodan voittaneet valtiot määräsivät Suomen maksettavaksi sotakorvauksia. Korvausten ja jälleenrakennuksen rasittamina nk. ”vaaran vuosina” 1944-1952 poliittinen ilmapiiri oli tulehtunut. Sodat olivat kuitenkin vahvistaneet mielikuvaa sivistyneistön kansallisesta solidaarisuudesta ja yhteiskunnallisesta tehtävästä. Yliopistolla edistettiin osaltaan valtiovallan sodanjälkeistä tavoitetta rakentaa voimakas sosiaalivaltio, jossa yhteiskunnallinen tasa-arvo toteutuisi.
Toisen maailmansodan jälkeen länsimaissa uskottiin yleisesti, että kansantaloudet hyvän tutkimusjärjestelmän avulla jatkossa pystyivät vastaamaan maailmantalouden suhdannevaihteluihin ja markkinoiden muutoksiin. Tieteellinen tieto varmistaisi taloudellisen, poliittisen ja kultturisen kilpailukyvyn. Tämä muutti ratkaisevasti yliopiston tiedeyhteisön ja sitä ympäröivän maailman suhdetta. Yliopistoa ympäröivä yhteiskunta alkoi yhä määrätietoisemmin ohjata yliopiston piirissä harjoitettavaa tiedettä. Yliopisto asettui tukemaan valtionjohdon ajatuksia tutkimuksen luonteesta ja tehtävästä.
Tiede kehittyi huimaa vauhtia; vuonna 1953 esiteltiin DNA-molekyylin rakenne ja 1969 ihminen laskeutui Kuuhun. Toisen maailmansodan jälkeen myös tutkimuksen luonne muuttui, kun suurten tutkimusryhmien tekemät yhteistyöhankkeet osittain korvasivat aiemman yksilöllisen tutkimustyön. Pitkin Eurooppaa esiintyviä suurhankkeita ruvettiin kutsumaan nimellä ”Big Science”. Ne olivat valtion tai yksityisten yritysten rahoittamia hankkeita, joita johdettiin keskitetysti ja joihin sidottiin kymmeniä, jopa satoja tutkijoita kerrallaan. Hankkeilta odotettiin merkittäviä tieteellisiä läpimurtoja ja niiden tutkijoiden välinen työnjako oli tarkkaan määritelty.
Suuret kansainväliset tutkimushankkeet tuottivat usein arvokasta uutta perustutkimustietoa ja taloudellisesti hyödynnettäviä innovaatioita. Suomalaiset tiedemiehet halusivat mielellään osallistua tähän uuteen tieteen eturintamaan. Suomella ei kuitenkaan 1950-luvulla ollut taloudellisia resursseja toteuttaa suuria investointeja vaativia laboratorioiden ja tutkimusryhmien perustamisia. Ensimmäinen Big Science projekti, johon Suomi osallistui oli Yhdysvaltain presidentti Eisenhowerin käynnistämä atomienergian ja ydinfysiikan rauhanoimaisen tutkimuksen hanke joka käynnistyi Suomessa 1955. Hankkeeseen osallistui Helsingin yliopiston, Teknillisen korkeakoulun, Suomen Akatemian, muiden yliopistojen tutkimuslaitosten ja suurimpien voimayhtiöiden tutkijoita ja asiantuntijoita.
Suomen tiedeyhteisö uskoi lujasti länsimaiseen tiedeperinteeseen. Tutkimuksen globalisoitumisen seurauksena ei enää pyritty tekemään pelkästään suomalaista tiedettä. Yhteyksiä lujitettiin yhä lisääntyvillä ulkomaanmatkoilla, joiden avulla uusinta tutkimustietoa saatiin Suomeen ja tieto suomalaisten tieteellistä saavutuksista levisi maan rajojen ulkopuolelle.
Vähitellen suomalainen tiede alkoi saavuttaa kansainvälistä huippua. Vuonna 1936 suomalainen matemaatikko L. Ahlfors vastaanotti Fields mitalin, 1945 professori A. I. Virtanen Nobelin kemianpalkinnon ja professori Ragnar Granit jaetun Nobelin lääketieteellisen palkinnon 1967. Samana vuonna (1945) yliopistoon perustettiin kauan suunnitteilla ollut uusi valtiotieteellinen tiedekunta. Sodan jälkeisinä vuosina perustettiin myös Suomen Akatemia (1948), josta pian tuli suomalaisen tieteen kansallinen symboli. Tieteen ja taiteen huippuja yhteenliittävänä tahona siitä kehittyi mahtava tieteen rahoituslaitos.
Suomalainen yhteiskunta koki 1950-luvulla suuria taloudellisia ja sosiaalisia rakennemuutoksia. Näihin lukeutui hyvinvointivaltion rakentaminen, elinkeinorakenteen muutos, väestönkasvu ja modernin teknologian läpimurto. Samalla sosiaalipoliittiset uudistukset ja taloudellinen kasvu yhdistettiin ja yhteiskunnallista toimintaa suunnitelmallistettiin.
Tiede nähtiin nyt merkittävänä tuotantovoimana ja tutkimuksen koettiin olevan avainasemassa taloudellisen kasvun kannalta. Koulutusta pidettiin investointina, joka maksaisi itsensä takaisin moninkertaisesti. Sen avulla pyrittiin myös lieventämään yhteiskunnalisia epäkohtia ja tasoittamaan maan eri alueiden välisiä kehityseroja. Kaikki tämä vaikutti merkittävästi Helsingin yliopistoon.
1960-luvulla sai alkunsa valtiollinen korkeakoulu- ja tiedepolitiikka, jonka seurauksena Suomen korkeakoululaitos laajeni ennenäkemättömällä tavalla. Professorien määrä seitsenkertaistui, opiskelijoiden yhdeksänkertaistui ja yliopisto-opetus levisi koko maan kattavaksi verkostoksi. Helsingin ja Turun kahden yliopiston lisäksi perustettiin Tampereen (1925), Jyväskylän (1934), Vaasan (1968), Oulun (1959), Joensuun (1969), Kuopion (1972) ja Lapin (1979) yliopistot.
Kyseessä oli kansainvälisestikin merkittävä korkeakoululaitoksen alueellinen laajentuminen. Näillä ”alueellisen kehittämisen vetureilla” pyrittiin myös ratkaisemaan uusien kouluttautuvien ikäluokkien synnyttämä opetustarve. Helsingin yliopisto säilytti luonteensa valtakunnallisena yliopistona, jossa opiskeli ihmisiä kaikkialta maasta. Pääkaupunkiseudulla sijaitseva yliopisto houkutteli opiskelijoita mm. monipuolisella opiskelutarjonnalla ja maan laajimmilla työmarkkinoilla.
Opiskelijoiden määrä kasvoi jyrkästi 1950-luvun lopulta alkaen sotien jälkeisten suurten ikäluokkien ryhtyessä opiskelemaan. Yleisesti lisääntynyt opiskeluhalu ja tutkinnon suorittaneen työvoiman kysyntä vahvistivat kehitystä. Verrattuna muihin korkeakouluihin Helsingin yliopiston suhteellinen osuus uusista opiskelijoista laski.
Vuonna 1945 sijoittui 75 % maan kaikista uusista korkeakouluopiskelijoista Helsingin yliopistoon. Vuonna 1950 heidän osuutensa oli 59 %, vuonna 1970 29 % ja vuonna 2000 enää 20 % .Tästä huolimatta opiskelijamäärän kasvu oli Helsingin yliopistossa niin suuri, että sitä ryhdyttiin kontroloimaan rajoittamalla uusien opiskelijoiden määrää kaikissa tiedekunnissa 1960-luvulla.
Helsingin yliopisto oli ylivoimaisesti suurin akateemista koulutusta antava laitos Suomessa. Vuonna 1954 yliopistossa oli 135 varsinaista professorin virkaa sekä 28 ylimääräisen professorin virkaa ja opiskelijoita noin 9 600. Kaikkiaan maan yliopistoissa ja korkeakouluissa oli tuolloin 301 professorin virkaa ja 16 000 opiskelijaa. Opettajakunnan määrä lähti pian voimakkaaseen kasvuun. Professorien ja apulaisprofessorien määrä kasvoi aikakautena 1965-75 261:stä 399:ään, lehtorien ja opettajien määrä 96:sta 239:ään ja assistenttien määrä 277:stä 602:een. Vuoden 1954 opettaja- ja opiskelijamäärät tulisivat kymmenkertaistumaan vuosisadan loppuun mennessä.
Korkeakoululaitoksen laajentumisen yhteydessä käynnistyi ajan henkeä ilmentävä aktiivinen korkeakoulupoliittinen suunnittelu. Muista maista poiketen, ylioppilaat olivat Suomessa suunnittelun alullepanijoita. 1950-luvulle asti korkeakoulupolitiikkaa olivat johtaneet Helsingin yliopiston professorit. 1960-luvulta alkaen myös opetusministeriö pyrki osallistumaan korkeakouluopetuksen ja –tutkimuksen suunnitteluun ja ohjaukseen. Opetusministeriö kehittyi 1970-luvulla todelliseksi voimatekijäksi korkeakoulupolitiikassa ja aikakautta leimasi yliopistojen ja ministeriön väliset jännitykset.
1965-75 oli Helsingin yliopiston suuri murroskausi, jolle oli ominaista aatteellinen ja poliittinen kuohunta. Länsi-Euroopasta ja Yhdysvalloista liikkeelle lähtenyt ylioppilasvallankumous levisi myös Suomeen. Syntyi traditioiden ja radikaalien ajatusten ristiriita, jonka näyttävin ilmentymä Helsingissä oli Yliopilastalon valtaus vuonna 1968.
Yliopistomaailma politisoitui ja opiskelijaradikalismi proletarisoitui kapitalismin vastaisen luokkataistelun voimaksi vuosina 1970-1971. Eräs opiskelijaliikkeen tavoitteista oli demokratisoida yliopiston hallintoa siirtämällä päätösvaltaa professoreilta opiskelijoille ja muulle henkilökunnalle. Pitkän ristiriitaisen kauden jälkeen toteutettiin Helsingin yliopiston hallinnossa 1990-luvulla kolmikantajärjestelmä, jossa professorit ja apulaisprofessorit, muu henkilökunta sekä opiskelijat saivat jokainen kolmanneksen hallintoelinten paikoista. Tämä oli olennainen muutos yliopiston perinteisessä valtarakenteessa.
Valtataistelua käytiin myös tieteen harjoittajien ja poliittisen järjestelmän edustaman opetusministeriön välillä opetuksen ja tutkimuksen riippumattomuudeta ja opettajien opetusvapaudesta. 1960-luvulla uskottiin voimakkasti suunnittelun, ohjailun ja yhdenmukaistamisen myötä saatavaan tehokkuuteen. Valtionjohdon asettamat työryhmät esittivät maan korkeakoululaitoksen kehittämiseen tähtääviä suunnitelmia. Niiden lähtökohtana oli, että tiede oli Suomessa jäänyt jälkeen yleistä kehitystä, mikä voitiin korjata mm. tutkijakoulutuksen ja pitkäaikaisen suunnittelemisen avulla. Tavoitteena oli myös lyhentää opintoaikoja ja vähentää opintonsa keskeyttäneiden määrää.
Yliopistolla toteutettiin useita perusteellisia tutkinnonuudistuksia ja käynnistettiin opinto-ohjaus ja opintoneuvonta. Yliopisto sai lisävarjoja ottaessaan käyttöön tulosohjauksen, raportoinnin ja arvioinnin järjestelmät. Korkeakoulujen keskushallinto keskitettiin opetusministeriöön ja kaikille yliopistoille säädettiin yhteinen yliopistolaki joka astui voimaan 1992.
1960-luvulla alkoi myös tutkijoiden määrän huomattava kasvu. 1960-luvun alussa perustettiin tutkijan toimia, eli luotiin tutkijain ammattikunta. Myös aiemmin suhteellisen pienenä pysynyt yliopiston hallintovirkakunta kasvoi merkittävästi. 1960-luvulla Helsingin yliopisto sai myös ensimmäiset päätoimiset tiedottajat. Yliopiston kotimainen julkisuus lisääntyi merkittävästi. Suomalaisten näkyvyys kansainvälisessä tiedeyhteisössä lisääntyi myös suomalaisten osallistuessa ja järjestäessä kansainvälisiä seminaareja, kongresseja, sympoosiumeja ja niihin liittyviä julkaisuja.
Vuonna 1972 Suomessa siirryttiin kansakoulunopettajakoulutuksesta peruskoulujärjestelmään ja luokanopettajakoulutus siirrettiin kokonaan yliopistoihin. Tätä tarkoitusta varten Helsingin yliopiston filosofiseen tiedekuntaan perustettiin uusi kasvatustieteiden osasto vuonna 1974.
Tämän lisäksi yliopisto hankki tutkimus- ja koeasemia ympäri maan vastaamaan lähinnä luonnontieteiden tutkimustarpeita. Tänä päivänä yliopiston etäpisteiden verkosto ulottuu Hangon Tvärminnestä Lapin Kilpisjärvelle.
1990- ja 2000-luvulla yliopiston tiedekuntajako muuttui enemmän kuin yliopiston koko aiemman historian aikana yhteensä. Filosofisen tiedekunnan osastot korotettiin vuonna 1992 omiksi tiedekunnikseen: humanistiseksi, matemaattis-luonnontieteelliseksi ja kasvatustieteelliseksi tiedekunnaksi. Filosofinen tiedekunta elää nykyään ainoastaan promootioiden muodossa.
Vuonna 1995 eläinlääketieteellinen korkeakoulu liitettiin yliopistoon eläinlääketieteellisenä tiedekuntana. Vuonna 2004 toimintansa aloitti farmasian, biotieteellinen ja käyttäytymistieteellinen tiedekunta, joista viimeksi mainittu korvasi aiemman kasvatustieteellisen tiedekunnan. Nykyisin yliopisto koostuu yhdestätoista tiedekunnasta.
1980-luvulla informaatioteknologian ja globaalin kommunikaation nopea kehitys sekä kiihtyvä kansainvälinen kilpailu muutti tiedeyhteisön olemusta ja yliopiston tieteenalojen painoarvoa. Alat kuten tietotekniikka, lääketiede ja soveltavat luonnontieteet kasvoivat nopeasti.
Vuonna 1987 Helsingin yliopisto rekisteröi ensimmäisenä Internet osoitteen helsinki.fi ja vuonna 1991 Helsingin yliopiston tietojenkäsittelytieteen opiskelija Linus Torvalds julkaisisi koodaamansa Linux-käyttöjärjestelmän. Vuonna 1997 ilmestyi ensimmäinen sähköiseen muotoon laadittu väitöskirja.
1900-luvun lopulla yliopisto alkoi tehdä entistä enemmän tutkimussopimuksia ulkopuolisten tahojen kuten valtiollisten tieteellisten toimikuntien, suurten tutkimuslaitosten ja muun julkisen sektorin sekä myös yksityisen teollisuuden kanssa. 1980-luvun puolessa välissä yliopisto oli solminut yli sata tutkimussopimusta. Kaikkiaan sopimuksista noin kolmannes koski luonnontieteellisiä aloja ja toinen kolmannes soveltavia luonnontieteitä.
Suomen kansantaloutta 1990-luvun alussa ravistelleen taantuman jälkeen tiede ja teknologia nähtiin yhä selvemmin kansallisen kilpailukyvyn välineinä, jotka tuottaisivat taloudellisesti hyödynnettäviä innovaatioita. Valtion tutkimus- ja kehitysrahoja suunnattiin erityisesti soveltavaan ja teknologiseen tutkimukseen.
Vuosituhannen vaihteelle oli myös ominaista keskittyminen kapeampiin eritysosaamisen aloihin. 1990-luvulla syntynyt huippuyksikköajattelu, jonka keskeisenä päämääränä oli vahvistaa parhaiten menestyneitä tai parhaat menestysmahdollisuudet omaavia tutkimusryhmiä niin kansallisesti kuin kansainvälisesti, nosti Helsingin yliopiston Euroopan huippuyliopistojen joukkoon.
Suomi liittyi 1995 Euroopan Unioniin, mutta jo vuonna 1988 oli Bolognan yliopiston 900-vuotisjuhlassa sovittu eurooppalaisten yliopistojen yhteistyöstä ja niiden yhteiseurooppalaisesta kehittämisestä. Kansainvälisen liikkuvuuden helpottuessa yhä useammat suomalaiset opiskelijat viettävät jossain vaiheessa opintojaan aikaa ulkomailla erilaisten yliopistojen välisten ystävyys- ja vaihtosopimusten turvin. Sen lisäksi Helsingin yliopisto vastaanotti huomattavasti aiempaa enemmän ulkomaalaisia opiskelijoita.
Yliopisto liittyi 1992 Erasmus ylioppilasvaihto-ohjelmaan, jonka myötä toisesta eurooppalaisessa yliopistossa suoritetut perusopinnot voitiin hyväksyä myös kotiyliopistossa.Vuonna 2005 Bolognan sopimuksen mukainen uusi tutkintorakenne astui voimaan myös Helsingin yliopistossa.
2000-luvulla valtio toteutti yliopistouudistuksen, joka lisäsi yliopistojen autonomiaa. Yliopistoista muodostettiin vuoden 2010 alusta itsenäisiä oikeushenkilöitä, joilla oli entistä suuremmat mahdollisuudet järjestää taloutensa ja organisaationsa kuten haluavat sekä harjoittaa itsenäistä henkilöstöpolitiikkaa.
Uudistuksen myötä Helsingin yliopiston hallitukseen valittiin vajaa puolet yliopistoyhteisön ulkopuolisia jäseniä, kaikki virkasuhteet muutettiin työsuhteiksi ja ainelaitosten määrä laski 67:stä 24:ään.
Vuonna 2010 yliopistoyhteisö koostuu noin 35 000 opiskelijasta ja 500 professorista ja Helsingin yliopisto kuuluu maailman parhaiden monitieteisten tutkimusyliopistojen joukkoon. Suhteessa maan muihin yliopistoihin Helsingin yliopisto erottautuu tieteellisellä laadulla ja monipuolisuudella sekä huomattavalla opiskelija- ja opettajamäärällään.
Vuoden 2010 jälkeen yliopisto on käynyt läpi monia muutoksia. Pienet, yhdestä aineesta koostuvat koulutusohjelmat on muutettu laajemmiksi ohjelmiksi vastaamaan nykyajan monitieteisen lähestymistavan vaatimuksia tieteessä, mutta myös yhteiskunnassa. Myös yliopiston talouteen on tehty merkittäviä leikkauksia ja tarkistuksia, mikä on pakottanut yliopiston hakemaan yhä enemmän rahoitusta ulkopuolisista lähteistä (kuten Euroopan unionista, yrityksiltä ja säätiöistä) valtion perusrahoituksen sijaan. Rahoitusleikkauksista huolimatta Helsingin yliopisto on kuitenkin edelleen maailman yliopistojen parhaan 1 prosentin joukossa ja Suomen johtava perinteinen yliopisto.