Kansainvälinen tieteellinen neuvosto valitsee TOY:n tutkimusohjelmat kuuden vuoden välein kilpaillun hakumenettelyn kautta. Kaikki tutkimusohjelmat pyrkivät integroimaan tutkimuksessaan kliinisen, translationaalisen ja biolääketieteellisen tutkimuksen osa-alueet. Kansainvälinen tieteellinen neuvosto valitsi vuonna 2019 alkavalle kaudelle yhdeksän tutkimusohjelmaa. Kokonaisuudessaan yksikköön kuuluu noin 90 tutkimusryhmän johtajaa ryhmineen Meilahden kampuksella.