Teologian ja uskonnontutkimuksen tohtoriohjelma käsittelee teologisen tiedekunnan perinteisiä tutkimusaloja kattavasti. Tiedekunnalla on vahvasti kansainvälinen ja dynaamisesti kehittyvä tieteellinen profiili. Ohjelman opiskelijat voivat erikoistua esimerkiksi eksegetiikkaan, joka kattaa hepreankielisen Raamatun ja Uuden Testamentin sekä kristinuskon varhaisvaiheiden tutkimuksen.
Ohjelmassa voi opiskella kansainvälistä tai pohjoiseurooppalaista ja suomalaista kirkkohistoriaa tai keskittyä uskontojen ja uskonnollisuuden tutkimukseen myös kristillisten perinteiden ulkopuolella. Systemaattisen teologian alalla opiskelijat voivat myös tarkastella historiallisia tai ajankohtaisia kysymyksiä sosiaalietiikan, ekumeenisen teologian, dogmatiikan ja uskonnonfilosofian piirissä tai tutkia käytännöllisen teologian alalla yhteiskunnallisesti tärkeitä kirkkososiologian, uskonnonpedagogiikan ja pastoraaliteologian aiheita.