Eläinlääketieteellisessä tiedekunnassa tehdään kansallisesti ja kansainvälisesti tunnustettua monitieteistä tutkimusta. Tämän tutkimuksen tekemisessä väitöskirjatutkijoiden merkitys on suuri. Eläinlääketieteellisessä tiedekunnassa voi suorittaa eläinlääketieteen tohtorin tai filosofian tohtorin tutkinnon. Tiedekunnasta valmistuu vuosittain noin 16 tohtoria.
Tohtorin tutkinto muodostuu väitöskirjasta ja yhteensä 30 opintopisteen laajuisista teoreettisista opinnoista. Väitöstutkimuksen keskeisin osa on tutkimustyö, joka tehdään kokeneemman tutkijan ohjauksessa. Väitöskirjan julkinen puolustaminen - väitöstilaisuus – kuuluu oleellisena osana tohtoriopintoihin.
Jatko-opinto-oikeutta haetaan aina johonkin tohtoriohjelmaan, mutta tutkinnon myöntää tiedekunta. Hakiessaan tohtoriohjelmaan hakija valitsee tavoitetutkinnon ja kotitiedekunnan aiemman opintotaustansa ja väitöskirjansa aiheen perusteella. Tohtoriohjelmat järjestävät kursseja ja seminaareja ja ne ovat myös vastuussa väitöskirjatutkijoiden neuvonnasta ja ohjauksesta.