Tutkimuksemme kohdistuu kliinisesti tärkeiden elintarvikevälitteisten, usein zoonoottisten, patogeenien molekyylibiologiaan, virulenssimekanismeihin, ekologiaan, molekyyliepidemiologiaan, leviämisen ehkäisyyn ja diagnostiikkaan. Selvitämme mikrobien ominaisuuksia ja ekologiaa käyttämällä perinteisiä mikrobiologisia ja uudempia molekyylibiologisia menetelmiä (kokogenomisekvensointi ja molekyylityypitys, fluoresenssimikroskopia, mikrofluidistiikka, virtaussytometria, soluviljely, reaaliaikainen PCR-testi, RNAseq- ja CRISPR-Cas9 – menetelmät).
Tutkimme Clostridium botulinum -bakteerin päävirulenssimekanismeja neurotoksiinin ja itiöiden tuotantoon liittyen. Lisäksi tutkimme ekologisia ja molekulaarisia mekanismeja, jotka johtavat bakteerin kasvuun ja toksiininmuodostukseen elintarvikkeissa, sekä ihmis- ja eläinbotulismin epidemiologiaa ja diagnostiikkaa elintarvike- ja rehuturvallisuusnäkökulma huomioiden. Lisäksi selvitämme Listeria monocytogenes- ja Bacillus cereus-bakteerien esiintymistä, ekologiaa ja kontaminaatioreittejä erityisesti maidontuotantoketjussa.
Kylmää sietävä Yersinia pseudotuberculosis aiheuttaa vakavan uhan erityisesti modernille elintarviketuotannolle, jossa elintarvikkeiden säilyvyys perustuu usein kylmäketjuun ja -säilytykseen. Tutkimme kylmän- ja muun stressin sietokyvyn taustalla olevia geneettisiä mekanismeja sekä Yersinian lähteitä ja leviämisreittejä, jotta olisi mahdollista kehittää parempia menetelmiä tämän tautia-aiheuttavan bakteerin hallintaan elintarvikkeiden tuotantoketjussa.
Ruokamyrkytyksiä aiheuttavat myös virukset, kuten norovirus, hepatiitti A -virus ja zoonottinen hepatiitti E -virus. Koko elintarvikeketjua koskevan epidemiologisen tutkimuksen lisäksi selvitämme virusten kestävyyttä elintarviketeollisuuden tuotantoprosesseissa ja kehitämme tehokkaita hygieniaratkaisuja ja diagnostisia työkaluja ruokamyrkytysten torjuntaan.
Muista elintarvikevälitteisistä patogeeneista tutkimusvalikoimaan kuuluvat Campylobacter spp., Salmonella spp., Yersinia enterocolitica, Clostridium perfringens ja Escherichia coli.