När arbetet med artikelavhandlingen inleds ska avhandlingsförfattaren och handledarna komma överens om avhandlingens form och om publiceringsplanen. Det lönar sig att besluta sig för alternativet sammanläggningsavhandling så tidigt som möjligt, för att man ska kunna beakta den planerade publiceringsverksamheten när man planerar och gör upp en tidtabell för de olika faserna av forskningsarbetet.
En sammanläggningsavhandling består av 3–5 vetenskapliga artiklar inom samma ämnesområde och ett sammandrag av dem (kappan).
Sammandraget ska bilda en sammanhängande helhet, och den rekommenderade omfattningen är 30–60 sidor. Sammandraget utgör sammanläggningsavhandlingens kärna: det är en analytisk introduktion till avhandlingen och av central betydelse för bedömningen av den. Sammandraget är alltså inte bara ett utvidgat referat av artiklarna. Sammandraget ska presentera målsättningen för den helhet som artiklarna bildar, den teoretiska referensramen och metoderna, en sammanställning av resultaten och en bedömning av resultatens betydelse vid den tidpunkt då sammandraget publiceras. Ny forskning eller nytt material bör inte presenteras i sammandraget. Fokus ligger på att doktoranden kritiskt och på ett övergripande sätt granskar och bedömer de undersökningar som presenteras i artiklarna.
Avhandlingsförfattaren ska ha som mål att merparten av artiklarna i sammanläggningsavhandlingen publiceras i referentgranskade publikationer. De huvudsakliga publiceringskanalerna är internationella och inhemska vetenskapliga tidskrifter och samlingsverk.
När man planerar vilka publiceringskanaler som ska användas är det viktigt att beakta att de vetenskapliga tidskrifterna och serierna har olika behandlingstidtabeller och hur dessa inverkar på färdigställandet av arbetet.
Doktorsavhandlingen kan helt eller delvis bestå av artiklar som är författade av flera personer (sampublikationer), om disputandens självständiga andel i artiklarna kan påvisas. Det är viktigt att dokumentera vilket innehåll disputanden har ansvarat för. Disputanden behöver inte vara första författare i sampublikationerna.
Om disputandens andel inte framgår av publikationen eller sammandraget, ska en fritt formulerad redogörelse för andelen fogas till det manuskript som ska förhandsgranskas.
Redogörelsen för disputandens andel i sampublikationerna ges in till fakultetens forskarstudieärenden i samband med att doktorsavhandlingens manuskript lämnas in för förhandsgranskning. Redogörelsen sänds tillsammans med manuskriptet till förhandsgranskarna, för att de ska kunna bedöma om doktorsavhandlingen har en lämplig omfattning. Med stöd av redogörelsen kan samma sampublikation användas i flera olika doktorsavhandlingar. Men en artikelavhandling får inte innehålla delar av samma författares tidigare doktorsavhandling.
Sammanläggningsavhandlingar förhandsgranskas i likhet med monografier. Avhandlingen lämnas in för förhandsgranskning när alla artiklar har publicerats eller godkänts för publicering. Av de sistnämnda inlämnas en version som korrigerats utifrån referentgranskning, det vill säga en text som i så hög grad som möjligt liknar den artikel som kommer att publiceras.
Förhandsgranskarna lägger fram sin bedömning av hela avhandlingens vetenskapliga nivå (både artiklarna och sammandraget) oberoende av om artiklarna redan har publicerats eller inte. Bedömarna uppmanas fästa vikt vid huruvida avhandlingens delar bildar en tillräckligt enhetlig och omfattande helhet.
Efter förhandsgranskningen får disputanden göra ändringar i sammandraget men inte i de artiklar som publicerats. Detaljer i de publicerade artiklarna kan kommenteras i sammandraget. Den offentliga disputationen och bedömningen av doktorsavhandlingen följer samma former som när det gäller monografier.
Om doktoranden inte får alla sina artiklar publicerade eller godkända i tid, har hen möjlighet att disputera på en monografiavhandling. Men det är bra att notera att det kan vara arbetsamt att omarbeta ett artikelformat arbete till en monografi. Doktorsavhandlingens struktur måste bearbetas grundligt. Om artikelsamlingens struktur finns kvar kommer det sannolikt att inverka negativt på bedömningen av manuskriptet.