Nedan listas strategiska samarbetspartner och andra intressenter som fakulteten samarbetar med i anknytning till undervisning, forskning och växelverkan med samhället.
Universitetsapoteket är Farmaceutiska fakultetens strategiska samarbetspartner, och samarbetar med fakulteten för att upprätthålla och utveckla undervisning och forskning. Universitetsapotekets verksamhet stöder universitetets undervisning och forskning.
HUS Apotek är Farmaceutiska fakultetens strategiska samarbetspartner och samarbetar med fakulteten inom både undervisning och forskning. HUS Apotek är Finlands största sjukhusapotek.
Apotekspraktiken som hör till farmaceutexamen kan genomföras vid Universitetsapoteket och dess filialapotek, närmare 300 privata apotek i huvudstadsregionen och på andra håll i Finland samt HUS Apotek och andra sjukhusapotek.
Fimea upprätthåller och förbättrar befolkningens hälsa genom att övervaka och utveckla läkemedelsbranschen. Sakkunniga från Farmaceutiska fakulteten sitter i Fimeas farmakopékommitté. Farmakopékommitténs uppgift är att utarbeta propositioner och ge utlåtanden över ärenden som gäller Europafarmakopén.
Valvira är ett centralt ämbetsverk som hör till Social- och hälsovårdsministeriets förvaltningsområde. Valvira beviljar på ansökan rätt att utöva yrket som legitimerad farmaceut eller provisor.
Universitetets farmaciekår är en ämnes-/fakultetsförening för dem som studerar farmaci vid Helsingfors universitet.
Farmaceutiska fakulteten deltar i flera universitetets profileringsområde, Finlands Akademis flaggskeppsprogram och forskningsnätverk.
Fakulteten deltar aktivt i verksamheten hos den europeiska farmaceutiska fakultetsorganisationen EAFP och i internationell forskarutbildning, bland annat i nätverket ULLA, som omfattar de bästa europeiska forskningsuniversiteten inom farmaci.