Maatalous-metsätieteellinen tiedekunta koordinoi Uusiutuvien luonnonvarojen kestävän käytön tohtoriohjelmaa (AGFOREE) ja Mikrobiologian ja biotekniikan tohtoriohjelmaa (MBDP). Ohjelmakohtaiset hakuohjeet ja hakuajat löytyvät kyseisen tohtoriohjelman kotisivulta.
Maatalous-metsätieteellisen tiedekunnan väitöskirjatutkijat voivat kuulua johonkin seuraavista 12 tohtoriohjelmasta: