Artikkeliväitöskirjan aloitusvaiheessa väitöskirjan tekijä ja työn ohjaajat sopivat väitöskirjan muodosta ja julkaisusuunnitelmasta. Päätös artikkeliväitöskirjavaihtoehdon valinnasta kannattaa tehdä mahdollisimman varhain, jotta tutkimustyön eri vaiheiden suunnittelussa ja aikataulutuksessa voidaan ottaa huomioon suunniteltu julkaisutoiminta.
Artikkeliväitöskirja koostuu 3–5 samaan aihepiiriin kuuluvasta tieteellisestä artikkelista ja niistä laaditusta yhteenvedosta.
Yhteenvedon tulee olla yksi yhtenäinen kokonaisuus, ja sen suositeltu laajuus on 30–60 sivua. Yhteenveto on artikkeliväitöskirjan ydin: se on analyyttinen johdatus työhön ja työn arvioinnin kannalta keskeinen. Se ei siis ole pelkkä laajennettu tiivistelmä artikkeleista. Yhteenvedon tulee esitellä julkaisujen muodostaman kokonaisuuden tavoitteet, teoreettinen viitekehys ja menetelmät, tulosten koonti sekä arvio julkaisujen tulosten merkityksestä yhteenvedon julkaisemisen aikaan. Yhteenvedossa ei ole syytä esitellä uutta tutkimusta tai uutta aineistoa. Pääpaino on siinä, että tekijä tarkastelee ja arvioi artikkeleissa esitettyjä tutkimuksia kokonaisvaltaisesti ja kriittisesti.
Kirjoittajan tulisi tähdätä siihen, että enemmistö artikkeliväitöskirjan artikkeleista julkaistaan vertaisarvioiduissa julkaisuissa. Pääasialliset julkaisukanavat ovat kansainväliset ja kotimaiset tieteelliset lehdet ja kokoomateokset.
Julkaisukanavia suunniteltaessa on tärkeää ottaa huomioon tieteellisten lehtien ja sarjojen erilaiset käsittelyaikataulut sekä näiden vaikutus työn valmistumiseen.
Väitöskirja voi koostua osin tai kokonaan yhteisartikkeleista, mikäli väittelijän itsenäinen osuus artikkeleista on osoitettavissa. Keskeistä on dokumentoida, mistä sisällöistä väittelijä on vastannut. Väittelijän ei tarvitse olla yhteisartikkeleissa ensimmäinen kirjoittaja.
Mikäli väittelijän osuus ei käy ilmi julkaisuista tai yhteenveto-osasta, siitä on laadittava vapaamuotoinen selvitys liitettäväksi esitarkastettavaan käsikirjoitukseen.
Selvitys väittelijän osuudesta yhteisartikkeleissa toimitetaan tiedekunnan jatko-opintopalveluihin väitöskirjakäsikirjoituksen esitarkastukseen jättämisen yhteydessä. Selvitys lähetetään käsikirjoituksen mukana esitarkastajille, jotta he pystyvät arvioimaan, onko väitöskirjan laajuus asianmukainen. Samaa yhteisartikkelia voi edellä mainitun selvityksen tukemana käyttää useassa eri väitöskirjassa. Artikkeliväitöskirja ei kuitenkaan voi sisältää saman tekijän aikaisemman väitöskirjan osia.
Artikkeliväitöskirja esitarkastetaan kuten monografia. Työ jätetään esitarkastukseen siinä vaiheessa, kun kaikki artikkelit on joko julkaistu tai hyväksytty julkaistavaksi. Jälkimmäisistä jätetään arvioitavaksi vertaisarvioinnin perusteella korjattu versio eli mahdollisimman lähellä julkaistavaa artikkelia oleva teksti.
Esitarkastajat esittävät arvionsa koko väitöskirjan tieteellisestä tasosta (sekä artikkeleista että yhteenveto-osasta) riippumatta siitä, onko artikkelit jo julkaistu. Arvioijia pyydetään kiinnittämään huomiota siihen, muodostavatko osat riittävän yhtenäisen ja laajan kokonaisuuden.
Esitarkastuksen jälkeen väittelijä voi tehdä muutoksia yhteenveto-osaan mutta ei julkaistuihin artikkeleihin. Julkaistujen artikkeleiden yksityiskohtia voi kommentoida yhteenveto-osassa. Julkinen tarkastus ja väitöskirjan arviointi noudattavat samoja muotoja kuin monografioiden osalta.
Mikäli väitöskirjan tekijä ei saa kaikkia artikkeleitaan ajoissa julkaistuksi tai hyväksytyksi, hänellä on mahdollisuus väitellä monografiamuotoisella väitöskirjalla. On kuitenkin syytä huomioida, että artikkelimuotoisen työn editointi monografiaksi voi olla työlästä. Väitöskirjan rakenne on muokattava perusteellisesti; mikäli työhön jää artikkelikokoelman rakenne, tämä todennäköisesti vaikuttaa käsikirjoituksen arvioinnissa negatiivisesti.