Alla mainittuna strategiset yhteistyökumppanit ja muita sidosryhmiä, joiden kanssa tiedekunta tekee yhteistyötä opetuksen, tutkimuksen ja yhteiskunnallisen vuorovaikutuksen alueilla.
Yliopiston Apteekki on farmasian tiedekunnan strateginen yhteistyökumppanion, jonka kanssa ylläpidetään ja kehitetään opetus- ja tutkimusyhteistyötä. YA tukee toiminnallaan yliopiston opetus- ja tutkimustoimintaa.
HUS Apteekki on farmasian tiedekunnan strateginen yhteistyökumppani, jonka kanssa tehdään opetus- ja tutkimusyhteistyötä. HUS Apteekki on Suomen suurin sairaala-apteekki.
Farmaseutin tutkintoon kuuluva apteekkiharjoittelun harjoittelupaikkoina toimivat Yliopiston Apteekki sivuapteekkeineen, lähes 300 yksityistä apteekkia pääkaupunkiseudulla ja muualla Suomessa sekä HUS Apteekki ja muut sairaala-apteekit.
Suomen Apteekkariliitto kehittää ammatillisesti ja eettisesti korkeatasoista apteekkitoimintaa osana terveydenhuoltoa ja tuottaa jäsenilleen apteekkiliikkeen harjoittamista tukevia palveluita.
Lähes kaikki Suomen apteekkarit kuuluvat vuonna 1897 perustettuun Apteekkariliittoon.
Suomen Farmasialiitto on farmasian alan koulutettujen taloudellinen ja ammatillinen edunvalvoja. Jäsenet ovat proviisoreja, farmaseutteja, lääkealan erityiskoulutettuja ja farmasian alan opiskelijoita.
Suomen Proviisoriyhdistys on Suomen suurin ja vanhin proviisorien ja proviisoriopiskelijoiden ammatillisia ja taloudellisia etuja ajava yhdistys. Proviisoriyhdistyksellä on edustaja myös farmasian alan erikoistumiskoulutusten yhteistyöverkostoissa sekä Helsingin yliopiston farmasian tiedekunnan yhteiskunnallisen vuorovaikutuksen neuvottelukunnassa.
Farmasian oppimiskeskus ry on koulutusta ja elinikäistä oppimista palveleva yhdistys, jonka jäsenen Farmasian tiedekunta on. FOK järjestää vuosittain lääkealan suurimman tapahtuman Farmasian Päivät, jonka järjestämiseen tiedekunta osallistuu.
Lääkealan turvallisuus- ja kehittämiskeskus Fimea ylläpitää ja parantaa väestön terveyttä valvomalla ja kehittämällä lääkealaa. Fimean farmakopeakomiteaan kuulu asiantuntijoita farmasian tiedekunnasta. Farmakopeakomitean tehtävänä on tehdä esityksiä ja antaa lausuntoja farmakopeaa koskevissa asioissa.
Valvira on sosiaali- ja terveysministeriön hallinnonalan keskusvirasto, joka mm. Valvira myöntää hakemuksesta oikeuden harjoittaa ammattia laillistettuna farmaseuttina tai proviisorina.
Yliopiston farmasiakunta on Helsingin yliopistossa farmasiaa opiskelevien aine-/tiedekuntajärjestö.
Farmasian tiedekunta on mukana mm. useissa Helsingin yliopiston profiloitumishankkeissa, Suomen Akatemian lippulaivaohjelmissa sekä tutkimusverkostoissa.
Tiedekunta on aktiivisesti mukana kansainvälisessä tutkijankoulutuksessa mm. ULLA, GPEN ja osallistuu Euroopan farmasian tiedekuntajärjestön EAFP toimintaan.