Farmasian tiedekunnassa tehdään kansallisesti ja kansainvälisesti tunnustettua monitieteistä tutkimusta. Tämän tutkimuksen tekemisessä väitöskirjatutkijoiden merkitys on suuri. Farmasian tiedekunnassa voi suorittaa farmasian tai filosofian tohtorin tutkinnon. Farmasian tohtorin tutkintonimikkeen voi saada farmaseuttisen perustutkinnon suorittanut henkilö (proviisori). Tiedekunnasta valmistuu vuosittain noin 15 tohtoria.
Tohtorin tutkinto muodostuu väitöskirjasta ja yhteensä 40 opintopisteen laajuisista teoreettisista opinnoista. Väitöstutkimuksen keskeisin osa on tutkimustyö, joka tehdään kokeneemman tutkijan ohjauksessa. Väitöskirjan julkinen puolustaminen - väitöstilaisuus – kuuluu oleellisena osana tohtoriopintoihin.
Jatko-opinto-oikeutta haetaan aina johonkin tohtoriohjelmaan, mutta tutkinnon myöntää tiedekunta. Hakiessaan tohtoriohjelmaan hakija valitsee tavoitetutkinnon ja kotitiedekunnan aiemman opintotaustansa ja väitöskirjansa aiheen perusteella. Tohtoriohjelmat järjestävät kursseja ja seminaareja ja ne ovat myös vastuussa väitöskirjatutkijoiden neuvonnasta ja ohjauksesta.